专利名称：诊断卵巢癌健康状况和卵巢癌健康状况危险的方法
技术领域：
本发明涉及发现在临床诊断的卵巢癌-阳性患者和正常无病受试者之间具有显 著不同的丰度或强度的小分子或代谢物。本发明还涉及用于诊断卵巢癌或发展卵巢癌的危 险的方法。
背景技术：
卵巢癌是女性中第五大主要的癌症死亡原因(1)。已经估计本年度将诊断超过 22，000例新卵巢癌病例，仅在美国预计有16，210例死亡(2)。典型地，卵巢癌直到患者已 经发展到第iii或iv阶段才得到鉴定，其与极差的预后相关；估计5年存活率约为25-30%。目前关于卵巢癌的筛查步骤包括联合双手骨盆检查、透阴道超声波检查、和血清筛选 升高的(elevated)癌症抗原-125 (ca125)，其为一种蛋白癌症抗原(2)。ca125用于筛查卵 巢癌的功效目前具有未知的益处，因为缺少该筛查减少死亡率的证据，并且由于与假阳性 结果有关的危险其还在详细的审查中(1，4)。根据美国癌症学会，ca125测量和透阴道超声 波检查不是用于卵巢癌的可靠的筛查或针对检测，并且目前可用来作为准确诊断的唯一的 方法是通过手术(http://www. cancer, org)。ca125是一种高分子量黏蛋白，当与正常细胞比较时，发现其在大部分卵巢癌细胞 中升高(2)。高于30-35u/ml的ca125检测结果典型地被认为是升高的水平(2)。由于用于 定义升高的ca125的不同阈值，检测的患者组的不同大小，和患者年龄和种族的宽泛范围， 很难建立用于卵巢癌的准确、灵敏和特异性的ca125筛查(1)。根据约翰霍普金斯大学病理 学网址，ca125检测对重现对于第i阶段患者仅约50%、对于第ii、iii和iv患者约80%的 卵巢癌真阳性结果(http://path0l0gy2. jhu. edu)。据报道，子宫内膜异位，良性卵巢囊肿， 骨盆炎性病，以及甚至妊娠的前三个月血清ca125水平升高(4)。美国全国卫生研究所的网 址声称ca125不是卵巢癌的有效通用的筛查检测。他们报道在100名具有升高的ca125水 平的健康女性中仅约有3名实际发现患有卵巢癌，并且约20%的卵巢癌诊断患者实际具有
白勺 ca125 ^k5f (http //www. nlm. nih. gov/medlineplus/ency/article/007217. htm)。清楚的是，存在对于改善卵巢癌检测的需求。能够检测卵巢癌的危险、存在或可以 以高特异性和灵敏性预测侵入性疾病的检测是非常有益的并且将影响卵巢癌的死亡率。发 明概述本发明涉及发现在卵巢癌患者和正常受试者之间具有显著不同的丰度的小分子 或代谢物。本发明提供鉴定、确认和实施用于诊断卵巢癌或处于发展卵巢癌的危险中的健康 状况指征的高通量筛查(hts)测定的方法。在一个具体的实施例中，该方法包括使用非靶 向的傅里叶变换离子回旋共振质谱仪(ftms)技术分析卵巢癌-阳性和正常的生物样品， 以鉴定在正常和卵巢癌阳性生物样品之间不同的所有统计学显著的代谢物特征，然后使用 多变量统计学选择最佳特征子集，并且使用包括但不限于下列各项的方法来表征所述特征 集合色谱分离，质谱(ms/ms)，和核磁共振(nmr)，其目的是1.分离并且鉴定所述代谢物 的停留时间；2.产生对每种代谢物特异性的描述性ms/ms碎裂方式；3.说明分子结构；和 4.开发高通量的定量或半定量的基于ms/ms的诊断测定，基于，但不限于串联质谱法。
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本发明还提供用于诊断人类中卵巢癌或发展卵巢癌的危险的方法，该方法通过测 量存在于样品中的特异性小分子的水平并且将它们与“正常的”参照物水平进行比较而进 行。所述方法测量还叫作代谢物的特异性小分子在来自患者的样品中的强度，并且将这些 强度与在健康个体群体中观察到的强度进行比较。从人获得的样品可以是血液样品。本发明可以显著提高检测卵巢癌或发展卵巢癌的危险的能力，并且因此可以挽 救生命。基于这些样品的检测的统计学表现表明所述检测优于ca125检测，ca125检测是 唯一的另一种基于血清的卵巢癌诊断检测。备选地，本文所述的检测与ca125检测联合可 以提高每种检测的综合诊断表现。本发明的方法，包括开发hts测定，可以用于下述，其中 特定的“健康状况”是指，但不限于，卵巢癌1.使用取自个体的任何生物学样品鉴定小分子代谢物生物标记，所述小分子代谢 物生物标记可以区分卵巢癌_阳性和卵巢癌_阴性个体；2.使用在如本文所述的样品诸如血清、血浆、全血、和/或其它组织的活组织切片 中鉴定的代谢物特异性诊断卵巢癌；3.利用多种统计学方法，诸如本文提及的那些，从更大的子集中选择最优化诊断 测定表现所需要的多个代谢物特征；4.使用lc_ms/ms，msn，和nmr鉴定选自非靶向代谢物组分析的生物标记代谢物的 结构特征；5.开发用于测定样品中所选的代谢物水平的高通量串联ms方法；6.通过使用任何方法，包括但不限于，质谱法、nmr、uv检测、elisa(酶联免疫吸附 测定)、化学反应、图像分析、或其它方法，确定由患者的ftms分析所揭示的任何代谢物特 征的组合的水平，而诊断卵巢癌、或发展卵巢癌的危险；7.监测对卵巢癌的任何治疗性治疗，包括药物(化疗)、放射治疗、手术、饮食、生 活方式作用、或其它；8.使用在本方法中揭示的任意单一特征或特征组合，纵向监测或筛查一般群体的 卵巢癌；9.确定或预测治疗的作用，所述治疗包括手术、化疗、放射治疗、生物学治疗、或其 它；10.确定或预测肿瘤亚型，包括疾病状态和侵入性。在本发明的一个实施方案中，提供一组在正常和卵巢癌-阳性样品中不同(ρ <0.05)的代谢物。424种代谢物满足该标准，如在表1中所示。这些代谢物在两种群体 中统计学性不同，并且因此具有潜在的诊断用途。因此，本发明的一个实施方案是针对该 424种代谢物、或其亚组。本发明的另一个实施方案针对该424种代谢物、或其亚组用于诊 断卵巢癌或发展卵巢癌的危险的应用。在本发明的另一个实施方案中，提供在卵巢癌_阳性和正常样品中具有统计学显 著不同的丰度或强度的多种代谢物。在所鉴定的代谢物质量中，其任意亚组可以用来区分 卵巢癌_阳性和正常状态。本发明提供一个实施例，其中进一步选择出一组37种代谢物质 量，并且显示出在卵巢癌和对照样品中有区别。在本发明的这一实施方案中，提供一组37种可以用作血清样品中存在疾病的诊 断指示剂的代谢物质量。所述37种代谢物可以包括具有下述质量(以道尔顿测量)的那些440.3532,446.3413,448. 3565,450. 3735,464. 3531,466. 3659,468. 3848,474. 3736， 478.405,484.3793,490.3678,492.3841,494.3973,502. 4055,504. 4195,510. 3943, 512. 4083, 518. 3974,520. 4131,522. 4323,530. 437,532.4507,534.3913,538.427, 540.4393,548.4442,550.4609,558. 4653,566. 4554,574. 4597,576. 4762,578. 493, 590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. 5015,598. 5121，其中 /_5ppm 的差异将表示同一种代 谢物。本发明的这一实施方案还包括该37种代谢物、或其亚组用于诊断卵巢癌或发展卵巢 癌的危险的应用。在本发明的另一个实施方案中，提供一组31种可以用作血清样品中存在疾病的 诊断指示剂的代谢物质量。所述31种代谢物可以包括具有下述质量(以道尔顿测量) 的那些446.3413，448. 3565，450. 3735，468. 3848，474. 3872，476. 5，478. 405,484. 3793， 490. 3678,492. 3841,494. 3973,496. 4157,502. 4055,504. 4195,512. 4083,518.3974, 520.4131,522.4323,530.437,532. 4507,538. 427,540. 4393,550. 4609,558. 4653, 574. 4597，576. 4757，578. 4848，592. 357，594. 4848，596.5012，598.5121，其中 /_5ppm 的 差异将表示同一种代谢物。本发明的这一实施方案还包括该31种代谢物、或其亚组用于诊 断卵巢癌或发展卵巢癌的危险的应用。在本发明的另一个实施方案中，提供一组30种可以用作血清样品中存在疾病的 诊断指示剂的代谢物质量。所述30种代谢物可以包括具有或基本上等价于下述质量(以 道尔顿测量)的那些446. 3396，448. 3553，450. 3709,468. 3814，474. 3736，478. 4022， 484. 3764,490. 3658,492. 3815,494. 3971,496. 4128,502.4022,504.4179,512.4077， 518.3971,520.4128,522.8284,530.43351,532.44916,538. 4233,540. 4389,550. 4597， 558. 4648，574. 4597，576. 4754，578. 4910，592. 47029，594. 4859，596. 5016，和 598. 5172，其 中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物。本发明的这一实施方案还包括该30种代谢物、 或其亚组用于诊断卵巢癌或发展卵巢癌的危险的应用。在本发明的这一实施方案中，具有 这些质量的代谢物的分子式分别为c28h4604，c28h4804, c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605, c32h5404, c32h5604, c30h5606, c32h5405, c32h5605, c32h6005, c34h5804, c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205, c36h6405, c36h6605, c36h6406, c36h6606, c36h6806，和 c36h7006，并且提议的结构分别如下所示 在本发明的另一个实施方案中，提供一组6种c28碳分子(中性质量 450(c28h5004)，446(c28h4604)，468(c28h5205)，448(c28h4804)，464(c28h4805)禾口 466(c28h5005))，当与对照相比时，发现其在卵巢患者的血清中显著更低。在本发明的一个实施方案中，提供用于鉴定诊断卵巢癌的代谢物的方法，所述方 法包括下列步骤将来自表现出所述疾病状况的患者的样品引入到高分辨率质谱仪中，例 如，傅里叶变换离子回旋加速共振质谱仪(ftms)，所述样品包含多种未鉴定的代谢物；获 得、鉴定并且定量关于所述代谢物的数据；产生所述数据的数据库；将来自所述样品的所 述数据与来自对照群体的样品的相应的数据进行比较；鉴定有差别的一种或多种的代谢 物，并且选择最优化诊断所需要的最少数目的代谢物标记。在本发明的另一个实施方案中，提供用于鉴定卵巢癌-特异性代谢物标记的方 法，其包括下述步骤将来自诊断卵巢癌的患者的样品引入到傅里叶变换离子回旋加速共 振质谱仪(ftms)中，所述样品包含多种未鉴定的代谢物；获得、鉴定并且定量关于所述代 谢物的数据；产生所述数据的数据库；将来自所述样品的定量数据与来自对照样品的相 应的数据进行比较；鉴定有差别的一种或多种的代谢物，其中所述代谢物选自由具有或基 本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组=440. 3532,446. 3413,448. 3565,450. 3735， 464.3531,466.3659,468.3848,474.3736,478. 405,484. 3793,490. 3678,492. 3841, 494.3973,502.4055,504.4195,510.3943,512. 4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323， 530.437,532.4507,534.3913,538. 427,540. 4393,548. 4442, 550. 4609, 558. 4653, 566.4554,574.4597,576.4762,578.493,590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. 5015,
10598. 5121，其中 /-5ppm的差异将表示同一种代谢物。在本发明的另一个实施方案中，提供用于鉴定卵巢癌-特异性代谢物标记的方 法，其包括下述步骤将来自诊断卵巢癌的患者的样品引入到傅里叶变换离子回旋加速共 振质谱仪(ftms)中，所述样品包含多种未鉴定的代谢物；获得、鉴定并且定量关于所述代 谢物的数据；产生所述数据的数据库；将来自所述样品的所述数据与来自对照样品的相应 的数据进行比较；鉴定有差别的一种或多种的代谢物，其中所述代谢物选自由具有或基 本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组=446. 3413,448. 3565,450. 3735,468. 3848， 474.3872,476.5,478. 405,484. 3793,490. 3678,492. 3841,494. 3973,496. 4157,502. 4055， 504.4195,512.4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323,530. 437,532. 4507, 538. 427, 540.4393,550.4609,558.4653,574.4597,576. 4757,578. 4848,592. 357,594. 4848, 596. 5012,598. 5121，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物。在本发明的另一个实施方案中，提供用于鉴定卵巢癌-特异性代谢物标记的 方法，其包括下述步骤将来自诊断卵巢癌的患者的样品引入到傅里叶变换离子回旋 加速共振质谱仪(ftms)中，所述样品包含多种未鉴定的代谢物；获得、鉴定并且定量 关于所述代谢物的数据；产生所述数据的数据库；将来自所述样品的所述数据与来自 对照样品的相应的数据进行比较；鉴定有差别的一种或多种的代谢物，其中所述代谢 物选自由具有或基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组446. 3396,448. 3553， 450. 3709,468. 3814,474. 3736,478. 4022,484. 3764,490.3658,492.3815,494.3971, 496.4128,502.4022,504.4179,512.4077,518.3971,520.4128,522.8284,530.43351， 532.44916,538.4233,540.4389,550.4597,558.4648,574.4597,576.4754,578.4910， 592. 47029,594. 4859,596. 5016，和 598. 5172，其中 /_5ppm 的差异将表示同一种代谢 物。在本发明的这一实施方案中，具有这些质量的代谢物的分子式分别为c28h4604， c28h4804, c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605, c32h5404, c32h5604, c30h5606, c32h5405, c32h5605, c32h6005, c34h5804, c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205, c36h6405, c36h6605, c36h6406, c36h6606, c36h6806，和 c36h7006，并且提议的结构分别如下所示 在本发明的另一个实施方案中，提供用于鉴定卵巢癌-特异性代谢物标记的方 法，其包括下述步骤将来自诊断卵巢癌的患者的样品引入到傅里叶变换离子回旋加速共 振质谱仪(ftms)中，所述样品包含多种未鉴定的代谢物；获得、鉴定并且定量关于所述代 谢物的数据；产生所述数据的数据库；将来自所述样品的所述数据与来自对照样品的相 应的数据进行比较；鉴定有差别的一种或多种的代谢物，其中所述代谢物选自由具有或 基本上等价于6种c28碳分子的精确质量(中性质量450 (c28h5004)，446 (c28h4604)， 468 (c28h5205)，448 (c28h4804)，464 (c28h4805)和 466 (c28h5005))的代谢物组成的组。在本发明的另一个实施方案中，提供卵巢癌_特异性代谢标记，其选自由具有或 基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组440. 3532,446. 3413,448. 3565,450. 3735， 464.3531,466.3659,468.3848,474.3736,478. 405,484. 3793,490. 3678,492. 3841, 494.3973,502.4055,504.4195,510. 3943,512. 4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323， 530. 437,532. 4507, 534.3913,538.427,540.4393,548. 4442,550. 4609,558. 4653, 566.4554,574.4597,576.4762,578.493,590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. 5015, 598. 5121，其中 /-5ppm的差异将表示同一种代谢物。在本发明的另一个实施方案中，提供卵巢癌_特异性代谢标记，其选自由具有或 基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组446. 3413,448. 3565,450. 3735,468. 3848， 474.3872,476.5，478.405,484. 3793,490. 3678,492. 3841,494. 3973,496. 4157,502. 4055， 504.4195,512.4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323,530. 437, 532. 4507, 538. 427, 540.4393,550.4609,558.4653,574.4597,576. 4757,578. 4848,592. 357,594. 4848, 596. 5012,598. 5121，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物。在本发明的另一个实施方案中，提供卵巢癌-特异性代谢标记，其选自由具有或基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组446. 3396，448. 3553，450. 3709， 468.3814,474.3736,478.4022,484.3764,490.3658,492.3815,494.3971,496.4128， 502.4022,504.4179,512.4077,518. 3971,520. 4128,522. 8284,530. 43351,532. 44916， 538. 4233,540. 4389,550. 4597,558. 4648,574. 4597,576. 4754,578. 4910,592. 47029， 594. 4859,596. 5016，和598. 5172，其中 /-5ppm的差异将表示同一种代谢物。在本发 明的这一实施方案中，具有这些质量的代谢物的分子式分别为c28h4604，c28h4804， c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605， c32h5404， c32h5604， c30h5606， c32h5405， c32h5605, c32h6005， c34h5804， c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205， c36h6405, c36h6605, c36h6406, c36h6606, c36h6806,和c36h7006，并且提议的结构分别如下所示 在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断患者存在卵巢癌、或发展卵巢癌的 危险的方法，所述方法包括下列步骤筛查来自所述患者的样品存在或不存在一种或多种 代谢标记，所述代谢标记选自由具有或基本上等价于表1的质量的精确质量的代谢物组成 的组，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物；其中一种或多种所述代谢标记的不存在 或显著减少指示卵巢癌的存在、或发展卵巢癌的危险，并且其中所述方法是基于ftms的方 法。
在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断患者存在卵巢癌、或发展卵巢癌 的危险的方法，所述方法包括下列步骤筛查来自所述患者的样品存在或不存在一种或 多种代谢标记，所述代谢标记选自由具有或基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的 组440.3532,446.3413,448. 3565,450. 3735,464. 3531,466. 3659,468. 3848,474. 3736， 478. 405，484.3793,490.3678,492.3841,494.3973,502.4055,504.4195,510.3943， 512.4083,518.3974,520.4131,522. 4323,530. 437,532. 4507,534. 3913,538. 427, 540.4393,548.4442,550. 4609,558. 4653,566. 4554, 574. 4597,576. 4762, 578. 493, 590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. 5015,598. 5121，其中 /_5ppm 的差异将表示同一种代 谢物；其中一种或多种所述代谢标记的不存在或显著减少指示卵巢癌的存在、或发展卵巢 癌的危险。在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断患者存在卵巢癌、或发展卵巢癌的 危险的方法，所述方法包括下列步骤筛查来自所述患者的样品存在或不存在一种或多 种代谢标记，所述代谢标记选自由具有或基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组 446.3413,448.3565,450. 3735,468.3848,474. 3872,476.5，478.405,484.3793,490. 3678， 492.3841,494.3973,496.4157,502. 4055,504. 4195,512. 4083,518. 3974,520. 4131, 522.4323,530.437,532.4507,538. 427,540. 4393,550. 4609,558. 4653, 574. 4597, 576. 4757,578. 4848,592. 357,594. 4848,596. 5012,598. 5121，其中 /_5ppm 的差异将表示 同一种代谢物；其中一种或多种所述代谢标记的不存在或显著减少指示卵巢癌的存在、或 发展卵巢癌的危险。在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断患者存在卵巢癌、或发展卵 巢癌的危险的方法，所述方法包括下列步骤筛查来自所述患者的样品存在或不存 在一种或多种代谢标记，所述代谢标记选自由具有或基本上等价于下述精确质量的 代谢物组成的组446.3396,448. 3553,450. 3709,468. 3814,474. 3736,478. 4022， 484. 3764,490. 3658,492. 3815,494.3971,496. 4128,502.4022,504.4179,512.4077， 518. 3971,520. 4128,522. 8284,530.43351,532.44916,538.4233,540.4389, 550. 4597，558. 4648，574. 4597，576. 4754，578. 4910，592. 47029，594.4859，596.5016， 和598. 5172，其中 /-5ppm的差异将表示同一种代谢物；其中一种或多种所述代 谢标记的不存在或显著减少指示卵巢癌的存在、或发展卵巢癌的危险。在本发明 的这一实施方案中，具有这些质量的代谢物的分子式分别为c28h4604，c28h4804， c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605, c32h5404, c32h5604, c30h5606, c32h5405, c32h5605, c32h6005, c34h5804, c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205, c36h6405, c36h6605, c36h6406, c36h6606, c36h6806,和c36h7006,并且提议的结构分别显示如下 在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断患者存在卵巢癌、或发展卵巢癌的 危险的方法，所述方法包括下列步骤筛查来自所述患者的样品存在或不存在一种或多种 代谢标记，所述代谢标记选自由具有或基本上等价于下述精确质量的代谢物组成的组中 性质量 450(c28h5004)，446(c28h4604)，468(c28h5205)，448(c28h4804)，464 (c28h4805) 和466(c28h5005)；其中一种或多种所述代谢标记的不存在或显著减少指示卵巢癌的存 在、或发展卵巢癌的危险。在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断未知卵巢癌状态的测试受试者中存 在或不存在卵巢癌的方法，所述方法包括分析来自测试受试者的血液样品，以获得关于 选自包括通过表1所示的中性精确质量鉴定的分子、或具有基本上等价于这些分子的质量 的分子或其衍生物的片段的组的分子的定量数据，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢 物；比较在所述测试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与来自多个卵巢癌-阳性人 关于所述分子的定量数据或获自多个卵巢癌_阴性人的定量数据；并且其中所述比较可以 用来确定所述测试受试者是卵巢癌_阳性或_阴性的可能性。在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断未知卵巢癌状态的测试受试者中存 在或不存在卵巢癌的方法，所述方法包括分析来自测试受试者的血液样品，以获得关于 选自由包括通过下述中性精确质量鉴定的分子、或具有基本上等价于这些分子的质量的分 子或其衍生物的片段的组的分子的定量数据=440. 3532,446. 3413,448. 3565,450. 3735，464.3531,466.3659,468.3848,474.3736,478.405,484. 3793,490. 3678,492. 3841, 494.3973,502.4055,504.4195,510. 3943,512. 4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323， 530.437,532.4507,534.3913,538. 427,540. 4393,548. 4442,550. 4609,558. 4653, 566. 4554,574. 4597,576. 4762,578. 493,590. 4597,592. 4728,594.4857,596.5015, 598. 5121，其中 /-5ppm的差异将表示同一种代谢物；比较在所述测试受试者中获得的关 于所述分子的定量数据与来自多个卵巢癌_阳性人关于所述分子获得的定量数据或获自 多个卵巢癌_阴性人的定量数据；并且其中所述比较可以用来确定所述测试受试者是卵巢 癌-阳性或-阴性的可能性。在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断在未知卵巢癌状态的测试受试者 中存在或不存在卵巢癌的方法，所述方法包括分析来自测试受试者的血液样品，以获得 关于选自包括通过下述中性精确质量鉴定的分子、或具有基本上等价于这些分子的质量 的分子或其衍生物的片段的组的分子的定量数据=446. 3413,476. 5，448. 3565,450. 3735， 468.3848,474.3872,478.405,484.3793,490.3678,492. 3841,494. 3973,496. 4157, 502.4055,504.4195,512.4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323,530. 437,532. 4507, 538. 427,540. 4393,550. 4609,558. 4653,574. 4597,576.4757,578.4848,592.357, 594. 4848,596. 5012,598. 5121，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物；比较在所述测 试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与来自多个卵巢癌_阳性人关于所述分子的 获得的定量数据或获自多个卵巢癌_阴性人的定量数据；并且其中所述比较可以用来确定 所述测试受试者是卵巢癌_阳性或_阴性的可能性。在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断在未知卵巢癌状态的测试受试者中 存在或不存在卵巢癌的方法，所述方法包括分析来自测试受试者的血液样品，以获得关于 选自由包括通过下述中性精确质量鉴定的分子、或具有基本上等价于这些分子的质量的分 子或其衍生物的片段的组的分子的定量数据=446. 3396,448. 3553,450. 3709,468. 3814， 474.3736,478.4022,484.3764,490.3658,492.3815,494. 3971,496. 4128,502. 4022， 504.4179,512.4077,518.3971,520. 4128,522. 8284,530. 43351,532. 44916,538. 4233， 540. 4389，550. 4597，558. 4648，574. 4597，576. 4754，578. 4910，592.47029，594.4859， 596. 5016，和598. 5172，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物；比较在所述测试受试 者中获得的关于所述分子的定量数据与来自多个卵巢癌-阳性人关于所述分子获得的定 量数据或获自多个卵巢癌_阴性人的定量数据；并且其中所述比较可以用来确定所述测试 受试者是卵巢癌_阳性或_阴性的可能性。在本发明的这一实施方案中，具有这些质量的 代谢物的分子式分别为 c28h4604，c28h4804, c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605, c32h5404, c32h5604, c30h5606, c32h5405, c32h5605, c32h6005, c34h5804, c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205, c36h6405, c36h6605, c36h6406,c36h6606,c36h6806，和 c36h7006，并 且提议的结构分别如下所示 在本发明的另一个实施方案中，提供用于诊断在未知卵巢癌状态的测试受试者 中存在或不存在卵巢癌的方法，所述方法包括分析来自测试受试者的血液样品，以获 得关于选自包括鉴定为中性精确质量450 (c28h5004)，446 (c28h4604)，468 (c28h5205)， 448 (c28h4804)，464 (c28h4805)和466 (c28h5005)的分子的组的分子的定量数据，比较在 所述测试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与来自多个卵巢癌_阳性人关于所述 分子获得的定量数据或获自多个卵巢癌_阴性人的定量数据；并且其中所述比较可以用来 确定所述测试受试者是卵巢癌_阳性或_阴性的可能性。因此，在人血清中具有提高的诊断准确性的卵巢癌生物标记的鉴定将是非常有益 的，因为该检测是非侵入性的且可能在常规方法之前或与之联合用来监测个体对疾病的易 感性。血清检测是最小侵入性的，并且在整个群体中被接受。本发明涉及通过测量存在于 人血清中的特定的小分子的水平并且将它们与“正常的”参照水平相比较而诊断卵巢癌或 发展卵巢癌的危险的方法。本发明公开数百种代谢物质量，其发现在卵巢癌_阳性血清和 正常血清之间具有统计学显著不同的丰度，其中在本发明的一个实施方案中，37种代谢物 质量的子集，并且在另一个实施方案中，31种代谢物质量的子集，另一种30种代谢物质量 的子集，且另一种6种代谢物标记的子集，用来举例说明所述诊断应用，所述诊断应用通过 区分疾病_阳性血清和对照血清样品进行。在本发明的另一个实施方案中，在本发明中鉴 定的任一种代谢物或其组合可以用来指示卵巢癌的存在。基于在血清中的小分子、或代谢物的诊断测定实现上述关于理想筛查检测的标准，因为开发能够检测特异性代谢物的测定 相对简单并且每次测定是成本有效的。将该方法转化为与目前的临床化学实验室硬件兼容 的临床测定将是商业可接受的和有效的，并且将引起全世界范围内的快速应用。此外，将消 除对操作和解释所述检测的高度受训人员的需求。所选的按照本发明鉴定的31种代谢物，通过分子式和结构进一步表征。关于所述 代谢物中的30种的其它信息显示在表35中。本发明还公开对维生素e-样代谢物的鉴定，所述维生素-e样代谢物在oc-阳性 患者相对于健康对照的血清中差异性表达。所公开的差异性表达是对oc特异的。在本发明的一个实施方案中，使用选自由维生素e-样代谢物组成的组的代谢物 的最优化代谢物子集开发的血清检测可以用来诊断oc的存在、或发展卵巢癌的危险、或 oc-促进或抑制性环境的存在。在本发明的另一个实施方案中，使用选自由维生素e-样代谢物组成的组的代谢 物的最优化子集开发的血清检测，可以用来诊断由对诊断患有oc的患者的治疗作用导致 的oc健康状况。治疗可以包括化疗、手术、放射治疗、生物学治疗、或其它。在本发明的另一个实施方案中，使用选自由维生素e-样代谢物组成的组的代谢 物的最优化子集开发的血清检测，可以用来纵向监测患者对oc治疗的oc状况，以确定对所 述患者的适当的剂量或特异性疗法。本发明还公开鉴定在oc-阳性患者相对于健康对照的血清中差异性表达的y _生 育酚/生育三烯甘油酯(tocotrienol)代谢物的鉴定，在所述代谢物中芳香环结构被还 原。所公开的差异性表达对oc特异。因此，按照本发明，所述代谢物可以用来监测与卵巢 癌相关的生物学途径或系统中的不规律性或异常性。本发明公开y-生育酚/生育三烯甘油酯代谢物在人血清中的存在，在所述代谢 物中存在附着在包含羟基苯并氢化吡喃结构上的-0c2h5，-0c4h9，或-0c8h17部分。在本发明的另一个实施方案中，提供用于鉴定和诊断将受益于抗氧化治疗的个体 的方法，所述方法包括分析来自测试受试者的血液样品，以获得关于所有的y生育酚、y 生育三烯甘油酯、ω-羧酸化的υ生育酚和υ生育三烯甘油酯、维生素e-相关的代谢物 或所述代谢物种类的代谢衍生物或它们的子集的定量数据；比较在所述测试受试者中获得 的关于所述分子的定量数据与从多个oc-阴性人的分析获得的参照数据；其中所述比较可 以用来确定所述测试受试者将受益于所述治疗的可能性。在本发明的另一个实施方案中，提供用于确定受试者处于发展oc的危险中的可 能性的方法，所述方法包括分析来自oc无症状的受试者的血液样品，以获得关于所有的 y生育酚、y生育三烯甘油酯、或所述代谢物种类的代谢衍生物或它们的子集的定量数 据；比较在所述测试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与从多个oc-阴性人的分析 获得的参照数据；其中所述比较可以用来确定所述测试受试者处于发展oc的危险中的可 能性。在本发明的另一个实施方案中，提供用于监测与卵巢癌相关的生物学途径或系统 中的不规律性或异常性的方法，所述方法包括分析来自未知卵巢癌状态的测试受试者的 血液样品，以获得关于所有的y生育酚、y生育三烯甘油酯、或所述代谢物种类的代谢衍 生物或它们的子集的定量数据；比较在所述测试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与从多个oc-阴性人的分析获得的参照数据；其中所述比较可以用来监测与卵巢癌相关的 生物学途径或系统中的不规律性或异常性。在本发明的另一个实施方案中，提供用于鉴定响应针对预防、治愈、或稳定oc或 改善与oc相关的症状的饮食、化学、或生物学治疗策略的个体的方法，所述方法包括分析 来自测试受试者的单次收集或随时间的多次收集的一份或多份血液样品，以获得关于所 有的y生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸化的υ生育酚和υ生育三烯甘油酯、维生 素e-样分子或所述代谢物种类的代谢衍生物或它们的子集的定量数据；比较在所述测试 受试者样品中获得的关于所述分子的定量数据与从多个oc-阴性人的所述分子获得的参 照数据；其中所述比较可以用来确定所述测试受试者的代谢状态是否在所述治疗策略过程 中得以改善。在本发明的另一个实施方案中，提供通过利用各种策略分析血清或组织而鉴定在 维生素e及相关代谢物的细胞吸收或转运中有缺陷的个体的方法，所述各种策略包括，但 不限于放射标记示踪研究、维生素e转运蛋白的基因表达或蛋白表达分析、维生素e转运 蛋白的基因组畸变或突变分析、维生素e转运蛋白水平的体外或离体成像、维生素e转运抗 体的基于抗体的检测(酶联免疫吸附测定，elisa)。本发明的概述不必要描述本发明的所有特征。附图简述本发明的这些以及其它特征将通过下述描述变得更明显，其中参考附上的附图， 在所述附图中
图1显示血清样品的卵巢癌和正常代谢物模式的主要成分分析(pca)图。图ia 使用完整的代谢物组数据(1，422种质量)，而图ib使用424种代谢物，ρ < 0. 05。每个点 代表个体患者样品。灰色点表示卵巢癌患者样品，黑色点表示正常对照。使用pca，基于所 述数据，彼此丛集(cluster)靠近的样品必定具有相似的特征。因此，从该图明显看出卵巢 癌患者群体共同享有共有的代谢特征，并且其与对照群体明显不同。图2a显示由基于下述标准从424种的表格中选择的37种代谢物获得的pca图 p < 0. oool13c峰排除，且仅在分析模式1204中检测到的代谢物(有机的，阴性apci)。灰 色点，卵巢癌样品；黑色点，正常对照。图2b显示由图2a按照pcl负载得分(沿着x_轴的点的位置)分级的患者样品 分布。这表示，使用pca图的原点作为截点，20名卵巢癌患者(灰色)组中有两名具有对照 分级(90%灵敏性)，而25名正常受试者(黑色)组中有三名具有卵巢癌患者(88%特异 性)。图3显示37种所选的代谢物的分级丛集代谢物点阵。样品已用公制欧氏平方距 离(euclidean squared distance metric) jam, mlifii 37 fh^ilt^bffl^^ pearson 关性(euclidean correlation metric)丛集。白色单元表示不具有强度的代谢物，而逐渐 变暗的单元分别对应更大的代谢物强度。这些结果反映图2 (a和b)所示的pca结果，其表 明两种卵巢癌样品与对照组丛集，而三种对照与卵巢癌组丛集。然而，该图表明，相对于对 照，卵巢癌患者的血清缺少分子的完全丛集。所检测的质量沿着该图的左侧显示，而理论上 鉴定的(de-identified)患者id号沿着该图的上部显示(灰色标题，卵巢癌；黑色标题，对 照)。具有灰色到黑色的更暗的阴影的单元表示比白色或浅色阴影单元具有更高的强度的 代谢物信号。
图4显示37种所选的代谢物的相对强度的柱状图。0-1的强度值(士 is. d.)通过 改变个体代谢物的log(2)转化强度而得到。该图显示，相对于对照团体(黑色)，所有37 种分子在卵巢癌团体(灰色)中在强度上显著更低。图5显示20种样品(10例卵巢癌，10例对照)的pca图，该图使用所述37种代 谢物的29种的强度产生，所述37种代谢物利用先前由ftms分析的相同提取物的全扫描 hplc-偶联的飞行时间(tof)质谱法重新发现。卵巢癌样品(灰色)显示为与对照(黑色) 极远地丛集，这证实标记的确存在于提取物中，并且对于卵巢癌的存在是特异性的。图6显示37-代谢物组的29种的图，其在tof质谱仪中以非靶向分析鉴定(士 is. d.)。结果证实用ftms数据观察到的那些，s卩，这些分子与对照相比(黑色)，在卵巢癌患者 (灰色)中强度显著更低。图7显示来自hplc-tof分析的15_20分钟的停留时间窗口的截取的质谱图。这 显示在该hplc柱的该洗脱时间内检测到的质量。峰表示10例对照(上图)和10例卵巢 癌(中图)的平均值。下图表示在上图和中图光谱之间的净差异。这清楚地表示，相对于 对照(上图)，卵巢癌样品(中图)缺乏约450-620的质量范围内的峰。图8利用靶向hts-三联-四极方法显示6种c28卵巢标记的相对强度(相对强 度 /-sem)。对照=289名受试者，卵巢=20名受试者。图9利用靶向hts-三联-四极方法显示31种卵巢标记的相对强度。对照=289 名受试者，卵巢=241例新病例(黑色柱状)和20例原始seracare病例(白色柱状)。该 组来源于表1、2和3中的分子组合。图10显示使用表1中列出的所有质量的关于缩小的质心(centroid)指导的归类 算法的训练误差图。该图显示用最大数量的代谢物(该图的上部所列)，即，表1中的所有 质量(总共424种)获得最低的训练误差(表示最高的诊断准确性)。优选实施方案详述本发明涉及卵巢癌(oc)、或发展oc的危险的诊断。本发明描述在内源性小分子与 oc之间的关系。具体地，本发明涉及通过检测维生素e同种型及相关的代谢物诊断0c、或 发展oc的危险。更具体地，本发明涉及在人血清中维生素e-相关的代谢物和其在oc中的 暗示之间的关系。本发明首次公开与oc特异性相关的清楚且明确的生化变化。这些发现还暗示测 量这些生物标记可以提供测量oc治疗的功效的通用方式。这将极大地降低进行临床试验 的成本，因为简单的生化检测可以用来评估新治疗法的可行性。此外，人们将不必须等到肿 瘤发展或知道患者死亡才能确定治疗法是否提供了任何益处。这样的检测的使用将使得研 究者能够在数月内而不是数年内确定oc治疗的剂量、配制和化学结构修饰的功效。本发明涉及通过测量在人血清中存在的特异性小分子的水平并且将它们与“正 常”参照水平相比较而诊断oc的方法。在本申请的一个实施方案中，描述了用于早期检测 和诊断oc和监测oc治疗法的作用的新方法。本发明的一种方法在基于ftms的方法中使用精确质量。按照本发明可以使用的 精确质量包括表1所示的质量、或它们的子集。另一种方法包括使用由选自表1的代谢物子集开发的高通量筛查(hts)测定来 诊断一种或多种疾病或特定的健康状态。所要求保护的方法的用途通过开发能够诊断
20oc-阳性健康状态的hts测定而得到证实和验证。这样的测定对oc的影响将是巨大的，因为确实每个人可以在他们的生命中纵向 筛查，以在早期评估危险和检测卵巢癌。假定该检测的表现特征代表普通oc群体，该检测 本身可以优于任何其它目前可用的oc筛查方法，因为它可以具有在常规方法可检测之前 检测到疾病的进展的潜力。oc的早期检测对于阳性治疗结果是重要的。术语“维生素e”笼统是指8种天然存在的同种型，即4种生育酚(α、β、y和 s)和4种生育三烯甘油酯(α、β、γ和δ )。在西方饮食中发现的主要形式是y-生育 酚，而在人血清/血浆中发现的主要形式是α-生育酚。生育三烯甘油酯也存在于饮食中， 但是主要集中在谷物谷粒和某些植物油如棕榈和米麸油中。有趣的是，提议生育三烯甘油 酯可能比生育酚更有效地预防心血管病和癌症(5)。这可能归因于生育三烯甘油酯在脂膜 内增加的分布、更大的与自由基相互作用的能力、和比生育酚负体更快速的快速循环的能 力(6)。已经证明，在大鼠肝脏微粒体中，α-生育三烯甘油酯保护免受铁-介导的脂质过 氧化反应的效力是α-生育酚的效力的40倍高(6)。然而，在人血浆中的测量表示，三烯甘 油酯不能检测到，或者仅以微小的浓度存在(7)，可能是由于更高的亲脂性导致优先的胆汁 (bilary)排泄(8)。关于这些同种型已经进行了关于α和y生育酚分布的差异的大量研究。早在 1974年就已知且报道y-和α-生育酚具有相似的肠内吸收，但是具有显著不同的血浆 浓度(9)。在bieri和evarts的研究中(9)，大鼠耗尽维生素e持续10天，然后喂给含有 α γ比例为0.5的饮食持续14天。在第14天，观察到血浆α y比例为5. 5。作者 将这归因于y-生育酚的显著更高的周转，然而，这种增加的周转的原因是未知的。据信生 育酚的血浆浓度由肝生育酚结合蛋白严格调控。已经表明，该蛋白优先与α-生育酚结合 (10)。α -生育酚消耗的大量增加仅导致血浆浓度的小增加(11)。关于生育三烯甘油酯，相 似的观察也是这样的，其中已经显示高剂量的补充导致仅约为1-3微摩尔的最大血浆浓度 (12)。最近，birringer等(8)表明，尽管50%以上摄取的y -生育酚由人肝细胞瘤h印g2 细胞通过ω-氧化作用代谢为各种醇和羧酸，但是低于3%的α-生育酚通过该途径代谢。 该系统似乎负责提高的y-生育酚周转。在该论文中，它们表明，由y-生育酚产生ωο)οη 以高于由α-生育酚产生相似的ω cooh大于50χ的速率发生。birringer还表明，三烯甘 油酯通过相似的、但是需要辅助酶的更复杂的ω羧酸化途径代谢(8)。可能地，这两种结构选择途径的存在具有生物学显著性。birringer等(8)提出
y"生育酚_特异性ρ450 ω羟化酶的目的是优先消除γ -生育酚/三烯甘油酯为2，7，8-三 甲基-2_(β-羧基-3’-羧基乙基)-6_羟基苯并氢化吡喃(γ-cehc)。然而，我们反对，如果 生物学目的仅是消除y "生育酚/三烯甘油酯，那么通过选择性羟基化和葡糖苷酸化将更 简单且更加能量有效。这两种途径的净生物学作用，这在所述维生素e文献中未进行评论， 在于这两种主要的饮食维生素e同种型(α和γ)，在一通代谢(first-passmetabolism) 过程中进入肝脏时，分流进入两种独立的代谢系统。系统1将最有生物学活性的抗氧化性 同种型(α-生育酚)快速运输到血流中，以供应机体组织足够水平的该基本维生素。系统 2将y-生育酚快速转化为ωο)οη。在本发明中，公开在正常人血清中一直存在显著浓度的
y"生育酚/生育三烯甘油酯ω cooh的多种同种型。通过测量胆酸，即在三联_四极方法中 所用的有机可溶包含羧酸的内部标准物，我们能够估算这些分子的每一种的浓度在人血清中以低的微摩尔范围存在。这在先前报道的血浆浓度范围0.5-2微摩尔y-生育酚(低于 α-生育酚的浓度约20倍)的范围内(13)。因此，血清中所有所述新y-tocoenoic acids 的累积总和并不微小，并且可能超过y-生育酚本身的总和。birringer等所述的其它较 短链长度的y-生育酚/三烯甘油酯代谢物(8)在血清中没有检测到任一种。此外，α和 y生育三烯甘油酯也没有在该工作报道的研究中所用的患者血清中检测到，这表明y-生 育酚/三烯甘油酯-特异性ρ450ω羟化酶的主要目的是形成cocooh，而不是ω-cehc。没 有受到理论正确性的限制，因此，暗示在本申请中公开的各种y-生育酚/生育三烯甘油酯 ω cooh代谢物是新型生物活性试剂，并且它们行使特异性且必需的生物学功能，以维持正 常的健康，并且以预防疾病。相关的还有这样的事实，已经表明哺乳动物能够在体内将三烯甘油酯转化为生 育酚(14，15)。由于本文公开的新型维生素e-样代谢物中的一些包含半饱和的植基侧链， 所以不能排除生育三烯甘油酯前体的可能性。正如已经报道三烯甘油酯具有独立于生育酚的生物学活性(16)，已经报道y _生 育酚具有独立且不同于α-生育酚的生物学功能。例如，在α-生育酚和α-生育三烯甘 油酯之间的主要差异包括α-生育三烯甘油酯通过调节特异性的细胞死亡调控子而特异 性防止神经变性的能力(17)，三烯甘油酯降低胆固醇的能力(18)，减少氧化性蛋白破坏和 延长秀丽隐杆线虫(c.elegans)的寿命能力(19)，和抑制乳腺癌细胞生长的能力(20，21)。 在y和α形式的生育酚之间的主要差异包括在大鼠炎症损伤中γ减少促炎性类花生酸 的能力(22)和抑制环加氧酶(c0x-2)活性的能力(23)。在jiang等中(23)，据报道对 于y-生育酚花费8-24小时变为有效的，并且花生四烯酸(arachadonic acid)完全抑制 y-生育酚的抑制活性。提议y-生育酚的ωc00h代谢物可能是负责其抗炎活性的主要生 物活性种类。花生四烯酸转化为类花生酸是炎症中的关键步骤。更可能的是，y-生育酚 的ωο)οη形式，由于它们与花生四烯酸的结构相似性，是比天然y-生育酚更有效的该形 式的竞争性抑制性。在本发明的一个方面中，提供在人血清中的新型y-生育酚/生育三烯甘油酯代 谢物。这些y-生育酚/生育三烯甘油酯代谢物已经使芳香环结构被还原。在本发明的这 一方面中，所述y“生育酚/生育三烯甘油酯代谢物在人血清中包括附着在羟基苯并氢化 吡喃结构上的-0c2h5，-0c4h9,或-0c8h17部分。不希望受到任何具体理论的局限，在本发明中，假设本文公开的新型代谢物是维 生素e活性的指示剂，并且所述代谢物的减少指示下述情形的一种a.超氧化性或代谢状 态，其以超过饮食供应的速度消耗维生素e及相关的代谢物；b.维生素e及相关的代谢物 的饮食不足或消弱的吸收；c.维生素e-相关的代谢物的饮食不足或消弱的吸收/上皮转 运；d.细胞色素p450酶的酶不足，包括但不限于cyp4f2，其负责γ-生育酚的ω羧酸化。 所述不足可以包括遗传改变，诸如单核苷酸多态性(snp)、易位或外遗传修饰如甲基化。备 选地，所述不足可能由蛋白的翻译后修饰、或缺少通过需要的辅助因子的活化、或通过由启 动子突变或不正确的转录复合体装配形成介导的转录沉默导致。在所有前述相关的关于维生素e的流行病学研究中，关于y-生育酚与oc之间的 相关性几乎不是已知的。在本申请时，关于“卵巢癌”和“ y-生育酚”的pubmed搜索仅得到 一篇出版物，其报道在oc患者和对照之间在血浆y-生育酚水平没有变化(24)。最近的发现避开了 α-生育酚补充和卵巢癌危险之间潜在的逆相关性(25)。基础研究表明，α-生 育酚可以在体外在卵巢癌细胞中抑制端粒酶活性，这表明在控制卵巢癌细胞生长中潜在的 作用。尚未报道y-生育酚对卵巢癌细胞的体外作用。基于本申请公开的发现，预计尽管特异性维生素e代谢酶的饮食不足或缺乏可能 提高oc发生的危险，但是还预测oc的存在可能导致维生素e同种型及相关的代谢物的减 少。这些减少的水平不可能是单纯的饮食不足的结果，同样，先前在流行病学研究中，诸如 在helzlsouer等进行的研究中(24)，可能已经揭示强相关性。基于本申请中公开的发现，还预测维生素e-样代谢物的降低水平不是简单的饮 食不足的结果，而是结肠上皮对维生素e及相关分子的吸收的消弱。因此，这代表在氧化压 力负荷下对上皮细胞抗氧化能力的充足供应的限速步骤。在该模型中，通过红肉、高饱和 脂肪、和减少的纤维(导致减少的铁螯合作用(26))的提高的铁消费的饮食作用导致先前 提及的芬顿(fenton)-诱导的自由基增多，它们的充分清除依赖于足够的上皮维生素e水 平。上皮自由基负荷的增加，与维生素e-相关的转运不足结合，因此，将反映为作为抗氧化 剂的维生素e-样代谢物的减少，以及由肝吸收和ρ450-介导的代谢导致的还原的羧酸化同 种型的减少。最近已经表明，caco-2结肠上皮细胞吸收维生素e是饱和过程，极大地依赖 于蛋白-介导的事件(27)。因为蛋白转运体本质上是酶类，并且遵循典型的米-曼动力学， 维生素e可以被吸收到结肠上皮细胞中的速率将达到最大速率(vmax)，其可能不能为发展 oc提供充足的抗氧化保护作用。在某些时间点上，高于维生素e可以从饮食转运的速率的 氧化压力的增加速率将耗尽内源性储备。在卵巢癌_阳性相对ih常健康对照中差异表达的代谢物的发现和鉴定临床样品。为了确定在特定群体中是否存在给定健康状况的生化标记，需要一组 代表健康状况(即，特定的疾病)的患者和一组“正常”对应物。然后可以将取自处于特 定的健康状况类别的患者的生物学样品与取自正常群体的等价样品进行比较，目的是鉴定 在这两组之间的不同，其通过提取和使用各种分析平台分析样品而进行，所述分析平台包 括但不限于ftms和lc-ms。生物学样品可能来源于机体内的任何位置，包括但不限于，血 液(血清/血浆)、脑脊液(csf)、尿、粪便、呼吸、唾液、或任何实体组织的活组织切片，所述 实体组织包括肿瘤、邻近的正常的、平滑肌和骨骼肌、脂肪组织、肝、皮肤、毛发、肾脏、胰腺、 肺、结肠、胃、或其它。对于本文所述的卵巢癌诊断测定，血清样品获自健康的卵巢癌_阴性个体和专业 诊断的卵巢癌_阳性患者的代表性群体。贯穿本申请，使用术语“血清”，但是本领域那些技 术人员应该清楚，血浆或全血或全血的亚级分也可以用在本方法中。本发明所述的卵巢癌 的生化标记来源于对来自卵巢癌阳性患者的20份血清样品和来自健康对照的25份血清样 品的分析。在随后的验证检测中，评估了 539份对照样品(没有诊断卵巢癌；289名受试者 使用c28 hts组，另外250名使用所述31种分子hts组)和241份卵巢癌样品。所有样品 均是单一时间点的收集，而289份卵巢癌样品在手术切除肿瘤(在化疗或放射治疗之前) 之前立即或之后立即采集。在治疗(化疗、手术或放射)后收集250份卵巢子集(图8所 示)°非靶向代谢物组策略。在科学参考文献中已经描述了多种非靶向代谢物组策略， 包括nmr (28)，gc-ms (29-31)，lc-ms,和ftms策略(28，32-34)。在本申请中用于发现差异表达的代谢物的代谢模式策略是由菲诺梅诺米发现公司(phenomenome discoveries inc.) 发明的非靶向ftms策略(30，34-37)。非靶向分析包括检测样品中尽可能多的分子，在分 析之前没有任何现有知识或成分选择。因此，非靶向分析发现新代谢物生物标记的潜力 高于靶向方法，靶向方法检测预先确定的分子目录。本发明使用非靶向方法来鉴定在卵巢 癌_阳性和健康个体之间不同的代谢物成分，然后对由所述非靶向分析鉴定的代谢物子集 开发高通量靶向测定。然而，本领域的任何技术人员应该清楚，其它代谢物模式策略可能有 潜力用来发现本申请公开的一些或全部差异调节的代谢物，并且本文所述的代谢物，不管 是发现的还是测量的，代表独特的化学实体，其不依赖于可以用来检测和测量它们的分析 技术。样品处理。当从患者采集血液样品时，有数种可以处理样品的方法。处理的范围 可以是小至没有(即，冷冻的全血)或如分离特定细胞型一样复杂。最常见的和常规的方 法包括由全血制备血清或血浆。所有的血液样品处理方法，包括将血液样品点样到固相支 持物上，诸如滤纸或其它固定的材料上，也在本发明的考虑内。样品提取。然后上述进一步处理上述处理的血液样品，以使其与在所述处理的血 液样品(在我们的情形中，是血清样品)所包含的生化物质的检测和测量中所用的分析技 术相兼容。处理的类型可以在从几乎没有进一步处理到如差分提取和化学衍生一样复杂的 范围内。提取方法可以包括，但不限于，超声、索格利特提取、微波辅助提取(mae)、超临界流 体提取(sfe)、加速溶剂提取(ase)、加压液相提取(ple)、加压热水提取(phwe)、和/或在 普通溶剂如甲醇、乙醇、醇和水的混合物、或有机溶剂如乙酸乙酯或己烷中的表面活性剂辅 助的提取(phwe)。提取用于ftms非靶向分析的代谢物的优选的方法是进行液相/液相提 取，其中非极性代谢物溶解在有机溶剂中，极性代谢物溶解在水性溶剂中。在用于本申请的 血清样品中包含的代谢物通过超声和用力混合(涡旋混合)分离为极性和非极性提取物。提取物的质谱分析。生物学样品的提取物适用于在基本上任何质谱平台上进行分 析，通过直接注射或在色谱分离之后进行。典型的质谱仪包括电离样品内的分子的能源 和用于检测所电离的颗粒的探测器。常见的能源的实例包括电子碰撞、电喷雾电离(esi)、 大气压化学电离(apci)、基质辅助的激光解吸附电离(maldi)、表面增强的激光解吸附电 离(seldi)、以及它们的演变物。常见的离子探测器可以包括基于四极的系统、飞行时间 (tof)、扇形磁场、离子回旋加速器、以及它们的演变物。本发明将在下述实施例中得到进一步的举例说明。实施例1 差异性表达的代谢物的鉴定本文描述的本发明包括分析来自45名个体(20名患有卵巢癌，25名健康对照)的 血清提取物，分析通过直接注射到ftms中，并且通过以正电和负电模式的esi或apci进行 电离而进行。ftms优于其它基于ms的平台的优点在于高分辨能力，其允许分离仅有几百 道尔顿不同的代谢物，较低分辨率的仪器将遗漏许多这样的化合物。将样品提取物在甲醇 0. 1% (ν/ν)氢氧化铵(50 50,ν/ν)中稀释3或6倍，用于负电电离模式，或在甲醇0. 1% (ν/ν)甲酸(50 50, ν/ν)中稀释3或6倍，用于正电电离模式。对于apci，样品提取物直 接注射无需稀释。所有的分析都在装配有7. ot主动屏蔽的超导磁体的bruker daltonics apex iii ftms(bruker daltonics, billerica, ma)上进行。使用电喷雾电离(esi)和大 气压化学电离(apci)，以每小时600 μ l的流速直接注射样品。使用丝氨酸、四丙氨酸、利血
24平、hewlett-包装的调制混合物和促肾上腺皮质激素片段4-10的标准混合物，最优化离子 跃迁/检测参数。另外，按照仪器供应商的推荐调整仪器条件，以最优化离子强度和在质量 范围ioo-ioooamu的宽波段累积。上文提及的标准物的混合物用来关于在ioo-ioooamu的 获得范围内的质量精确性而内部校正每份样品波谱。对于每份样品，获得下述总共6份独立的分析，其包括提取物和电离模式的组合水性提取物1.正电esi (分析模式1101)2.负电esi (分析模式1102)有机提取物 3.正电esi (分析模式1201)4.负电esi (分析模式1202)5.正电apci (分析模式1203) 6. 负电apci (分析模式1204)质谱数据处理。使用线性最小二乘回归线，质量轴值这样校正，以致与每个内部 标准物的理论质量相比，其内部标准质量峰具有< ippm的质量误差。使用来自bruker daltonics公司的xmass软件，获得大小为1兆的数据文件，并且将其填零成为2兆。在傅 里叶变换和数量级计算之前进行sinm数据转化。将每次分析的质谱整合，产生包含每个峰 的精确质量和绝对强度的峰列表。分析在100-2000m/z范围内的化合物。为了比较和总结 关于不同电离模式和极性的数据，假设形成氢加合物，将所有检测到的质量峰转变成它们 相对应的中性质量。然后使用discovametrics 软件(菲诺梅诺米发现公司(phenomenome discoveriesinc.), saskatoon, sk，加拿大)，生成自我产生的二维(质量相对样品强度) 阵列。整合来自多份文件的数据，并且然后处理这一组合文件，以确定所有独特的质量。确 定每种独特质量的平均值，代表y轴。对于初始选择进行分析的每份文件生成一列，代表χ 轴。然后，将在所选的每份文件中发现的每种质量的强度填到其代表性χ，y坐标中。不包 含强度值的坐标保留为空白。一旦在阵列中，就进一步处理、显示和解释数据，并且指定推 定的化学身份(identities)。然后，将挑取每一个光谱的峰，以获得所有检测的代谢物的 质量和强度。然后，将来自所有模式的这些数据合并以对每种样品产生一个数据文件。然 后，将来自所有45份样品的数据合并并且比对，以产生二维代谢物阵列，在所述阵列中，每 种样品由一列表示，并且每种独特的代谢物由单行表示。在与给定的代谢物样品组合相对 应的单元中，显示所述代谢物在所述样品中的强度。当数据以这种形式表示时，可以确定在 样品组(即，正常和癌症)之间表现出差别的代谢物。高级数据解释。斯氏t检验用来选择在正常和卵巢癌_阳性样品之间不同的代谢 物(p < 0. 05)。424种代谢物符合这一标准(显示在表1中)。这些是在所述两个群体 之间有统计学差别的所有特征，并且因此具有潜在的诊断用途。所述特征由它们的精确质 量和分析模式描述(1204，有机提取和负电apci)，二者一起足以提供每种代谢物的推定分 子式和化学特征(诸如极性和推定的官能团)。表1还显示在正常和卵巢样品中的平均生 物标记强度和强度的标准误差。代谢物强度的log(2)比例(正常/卵巢)显示在最右列 中。通过定义，由于表1中的每种代谢物显示在卵巢和对照群体之间的统计学显著差异(p <0. 05)，每种质量本身可以单独用来确定一个人的健康状况本质上是“正常的”还是“卵 巢癌(ovarian)的”。例如，这一诊断可以这样进行，即，通过确定关于表1中每种质量的最 优截点，并且比较未知样品中的生物标记的相对强度与该标记在正常和卵巢癌群体中的水 平，计算关于未知样品是卵巢癌_阳性的还是正常的可能性比例。这种方法可以单独用于 表1中列出的任一种或全部质量。备选地，这种方法可以用在每种质量上，然后联合平均可 能性得分基于所用的所有质量。
与上述实施例相似的方法包括使用任一种或全部质量来产生表示关于卵巢癌的 所有测量生物标记强度的平均或标准化数值的任何方法。例如，检测每种质量的强度，然后 直接使用或按照标准化方法(诸如均值标准化、对数标准化、z-得分转变、最小-最大缩放 等)使用，以产生总计的或平均的得分。所述总和或平均值在卵巢癌和正常群体之间显著 不同，这允许截断得分用来预测将来未分类样品中的卵巢癌或正常性的可能性。截断得分 本身，不管是关于单个质量还是关于表1所列的所有质量的平均值或标准化的平均值，可 以使用标准的操作器-接收器特有算法进行选择。其中可以使用表1列出的所有质量来提供诊断输出的第三个实施例将通过使用 多变量有监督模式的或无监督模式的分类或聚类算法。与下文关于最优化特征组选择所列 出的那些相似，多变量分类法如主要成分分析(pca)和分等级聚类(hca) (二者均为无监督 模式的，即，该算法不知道哪种样品属于何种疾病变量)，和有监督模式的方法如有监督模 式的pca、部分最小二乘判别分析(plsda)、对数回归、人工神经网络(anns)、支持载体机器 (svms)、贝叶斯法以及其它(关于综述参见38)，使用更多特征最优化地进行。这显示在图 10中的实施例中，其中有监督模式的缩小质心法用来产生最优化诊断分类需要表1中的 多少种质量的图。该图显示使用所有424种质量(沿着图的上部列出)获得最小误分类， 并且通过增加该算法的阈值，使用较少的代谢物导致较高的误分类率。因此，全体一起使用 的所有424种质量导致最高程度的诊断准确性。然而，将424种信号结合并发展成商用测定是不切实际的，因此，有监督模式的方 法如上文列出的那些通常用来确定保持可接受的诊断准确性水平所需要的最少特征数目。 在本申请中，没有使用有监督模式的训练分类器来进一步缩小列表；相反，该列表基于单变 量分析、13c滤除和模式选择而减少为37种(见表2)。来自表1所列出的424种质量的任 何其它子集均可以按照本发明用来开发用于检测卵巢癌的测定。30种代谢物标记的子集在 表35中列出。此外，29种代谢物标记的子集在表3中列出。备选地，还存在一些有监督模 式的方法，其中任何一种可能已经用来鉴定备选的质量子集，包括人工神经网络(anns)、支 持载体机器(svms)、部分最小二乘判别分析(plsda)、亚线性缔合方法、贝叶斯推导法、有 监督模式的主要成分分析、缩小的质心、或其它(关于综述参见(38))。实施例2 使用ftms非靶向代谢物组方法发现与卵巢癌相关的代谢物对可以区分卵巢癌患者血清与健康对照血清的代谢物的鉴定以产生20名卵巢癌 患者和25名对照的综合代谢物组模式开始，如在实施例1中所述。完整的数据组包括1，244 种样品_特异性质量，当将所述数据进行log(2)转变且在所述卵巢癌样品和对照之间进行 斯氏t检验时，其中有424种表现出小于0. 05的ρ-值(表1)。这些质量中的每一种在区 分卵巢癌和对照团体上是统计学显著的，并且因此具有潜在的诊断用途。另外，所述424种 代谢物标记的任何子集具有潜在的诊断用途。表1显示按照p-值排列的这些质量(最小 的p-值在表格的最开始部分)。使用称为主要成分分析(pca)的统计学分析技术来验证多变量数据组内的变化。 该方法称为“无监督模式的”，意指该方法不知道哪种样品属于何种团体。pca分析的输出 是二维或三维图，其将关于每份样品的单个点按照其变化绘制在该图上。所述点丛集得越 靠近在一起，样品之间的变化越小，或者基于所述数据样品彼此之间就越相似。在图1中， pca首先在1，244种质量的完整组上进行，并且点按照疾病状况着色。甚至没有按照显著性或p_值滤除质量，pca图表示存在能够区分卵巢癌样品与对照的强代谢显著性。为了鉴 定在卵巢癌和对照样品的强度上具有统计学显著性差异的最大数量的质量，进行斯氏t检 验，导致具有小于0. 05的p-值的424种代谢物。图1b中的pca图是使用这些424种代谢 物产生的，其表示更进行丛集的组，特别是对照团体(黑色)。这进一步表明所述424种质 量不但保留，而且提高区分这两组的能力。然而，将所有424种具有p < 0.05的质量结合到常规临床筛查方法中是不切实 际的。如上述许多统计学方法，包括有监督模式的和无监督模式的方法，可以用来提取这 些424种质量的子集作为最优化的诊断标记，并且多种方法将产生略微不同的结果。从 424种列表中选择37种代谢物的子集(见表2)作为一组潜在的卵巢癌筛查标记组。所述 37种代谢物通过滤除具有小于0. 0001的p-值的质量的数据、去除所有的13c同种型、并 且排除在模式1204中检测不到的代谢物而选择得到。37种代谢物的列表显示在表2中， 并且包括质量 440. 3532,446. 3413,448. 3565,450. 3735,464. 3531,466. 3659,468. 3848， 474.3736,478.405,484.3793,490.3678,492.3841,494. 3973,502. 4055,504. 4195, 510.3943,512.4083,518.3974,520. 4131,522. 4323,530. 437,532. 4507,534. 3913, 538.427,540.4393,548.4442,550.4609,558. 4653,566. 4554,574. 4597,576. 4762, 578. 493,590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. 5015,598. 5121，其中 /_5ppm 的差异将表示 同一种代谢物。完全基于这些质量的pca图显示在图2a中，其沿着pc1轴表示在卵巢癌和 对照样品之间的高分离度。由于该数据组的pc1轴捕获全部变化的80%，每种样品的pc1 位置可以用作每名患者的诊断得分。关于每个团体的每份样品的pc1得分的分布显示在图 2b中，其显示具有落于6分级范围内的pc1得分的卵巢癌样品和对照的数目。如果将图2a 中pca图的起点用作截点，人们可以看出，卵巢癌患者中有两名与分布的对照一侧丛集，而 3名对照与卵巢癌一侧丛集。这表明约90%的灵敏性和88%的特异性。pca图不足以允许人们显现负责分离所述丛集的代谢物的实际强度。因此使用第 二种统计学方法，称为分级聚类(hca)，以基于使用所述37种代谢物的欧式(euclidean)距 离测量安排患者样品分组，所述37种代谢物本身使用pearson相关性距离测量丛集。得到 的代谢物点阵显示在图3中，并且清楚地重现了使用pca分析观察到的结果，s卩，卵巢癌和 对照团体是清楚可区分的，其中两名卵巢癌患者丛集在对照团体内，且三名对照丛集在卵 巢癌团体内。所述点阵本身包括表示来自ftms的log(2)强度的单元，其中白色表示具有 0强度的代谢物，并且渐增的灰色阴影分别表示具有渐增的强度值的代谢物。清楚地是，在 卵巢癌团体中，相对于对照，所述37种代谢物均没有或强度相对较低。图4中的图通过绘 制所述37种代谢物的平均log(2)强度(随后在0-1之间比例缩放)(士 is. d.)进一步图 示该点。实施例3 证实所发现的代谢物的独立方法使用独立的质谱系统进一步证实实施例1所述的代谢物以及它们与临床变量的 相关性。通过lc-ms重新分析来自每个变量组的代表性样品提取物，所述lc-ms利用hp 1050高效液相色谱(hplc)，或等价物，以及与其相连接的abi q-star (应用生物系统公司 (applied biosystemslnc. ), foster city, ca)、或等价物质谱仪进行，以获得质量和强度 信息，以用于鉴定研究中临床变量之间强度不同的代谢物的目的。这也是非靶向方法，其提 供停留时间指数(代谢物从hplc柱上洗脱下来所用的时间)，并且允许串联ms结构研究。在该情形中，为了验证来自卵巢癌患者和对照的样品提取物的确具有所述标记的差异性丰 度，使用所述方法独立地分析来自每个团体的所选提取物。在先前所述的37种所述的代谢 物中，在一组10份卵巢癌和10份对照样品的组中检测到29种。基于这29种质量的pca图 显示在图5中。结果表明所述29种代谢物(见表3)清楚地被差异性表达，如由所述10份卵 巢癌样品与所述10份对照的完全分离所证实，所述29种代谢物在tof ms上检测，并且包括 质量 446.3544,448. 3715,450. 3804,468. 3986,474. 3872,476. 4885,478. 4209,484. 3907， 490. 3800,492. 3930,494. 4120,502. 4181,504. 4333,512. 4196,518.4161,520.4193， 522.4410，530.4435,532.4690,538.4361,540. 4529,550. 4667,558. 4816,574. 4707， 578. 5034,592. 4198,594. 5027,596. 5191,598. 5174，其中 /_5ppm 的差异将表示同一种代 谢物。所述29种代谢物的柱状图显示在图6中，其再次验证这些分子在卵巢癌团体中相对 于对照的清楚的缺乏或减少。 图6显示的所述29种代谢物的停留时间在色谱条件下在约15-18分钟范围内。为 了进一步举例说明在该时间窗口洗脱下来的分子对卵巢癌的特异性，生成对于对照、卵巢 癌在15-20分钟之间的平均提取的质谱，和在这两种团体之间的净差异，如在图7中所示。 通过比较上版(对照)与中版(卵巢癌)，明显的是，在达到约质量400之前，在两种样品中 峰处于相等的高度，在约质量400的点上，峰在对照组(上版)可以清楚地检测到，但在卵 巢癌受试者中(中版)不可检测到。下版图示所述净差异，其包括与在ftms数据中鉴定的 37种重叠的29种质量。t施彻丨4 所诜巢癌代i射物代i射物标iff的msms wmmmm^下述实施例描述卵巢癌标记子集的串联质谱分析。通用原则是基于选择和每种母 体离子碎裂成子代离子的模式。碎裂通过称为碰撞-诱导的解离的方法发生在质谱仪内， 其中允许惰性气体(诸如氩)与母体离子碰撞，导致其碎裂成更小的成分。然后电荷将与 相对应的碎片之一传播。所形成的碎片或“子代离子”的模式表示每种分子的特异性“指 纹”。不同结构的分子(包括具有相同式的那些)将产生不同的碎裂模式，并且因此表示鉴 定所述分子的非常特异性的方式。通过为所述碎片离子分配精确质量和式，可以确定关于 所述分子的结构认识。在本实施例中，msms分析关于31种卵巢癌标记的子集(来自表2和表3)进行。 关于每种所选的母体离子形成的碎片离子列在表4-34中。母体离子列在每个表格的上部 (作为其中性质量)，并且后来的碎片显示为带负电荷的离子[m-h]。强度(以计数和百分 数表示)分别显示在中间和右侧列中。特异性停留时间(来自高效液相色谱)显示在中间 列的上部。在所用的色谱条件下(见下述方法)，所述卵巢癌标记均具有16-18分钟的停留 时间。基于对碎裂模式的解释所提议的结构总结在表35中。后面的表36-65列出关于 每种母体分子的每种碎片的碎片质量和提议的结构。表格中的质量以名义性检测的质量 [m-h]给出，并且对每种碎片给与提议的分子式。另外，右手列表示预测的中性碎片损失。msms数据的解释揭示所述代谢物标记与维生素e的生育酚形式在结构上相 关，因为它们包括苯并二氢吡喃环样部分和植基侧链。然而，这些分子具有不同于生育 酚的一些重要差异a). 羧酸化的植基侧链(在植基链的末端碳位置羧酸化)；b).半 饱和的和开放的苯并二氢吡喃环样系统；c).由于对所述环系统的潜在的烃链添加而增加的碳数目。基于与生育酚的相似性和羧基部分的存在，将新代谢物的种类命名为 “y -tocoenoic acids，，。使用配有四个泵、自动注射器、除气器和hypersil 0ds柱(5 y m颗粒尺寸硅石， 4. 6i. dx 200mm)和半制备柱(semi-prep column) (5 ii m 颗粒尺寸硅石，9. li. dx 200mm)、 具有内嵌滤光器的高效液相色谱进行hplc分析。移动相在52分钟的时间内线性梯度 h20-me0h 到 100% meoh，流速 1. 0ml/min。使用配有负模式(negative mode)的大气压化学电离(apci)源的abi qstar . xl质谱仪分析来自hplc的洗脱物。全扫描模式的扫描类型是飞行时间(t0f)，其具有 1. 0000秒的累积时间，50-1500da的质量范围，和55分钟的持续时间。源参数如下离子 源气体1(gs1)80 ；离子源气体2 (gs2) 10 ；幕涂气体(curtain gas) (cur) 30 ；喷雾器电流 (nc)-3.0 ；温度400°c ；解聚类电势(dp)-60 ；聚焦电势(fp)_265 ；解聚类电势2 (dp2)-15。 在ms/ms模式中，扫描类型是产物离子，累积时间为1.0000秒，扫描范围为50-650da，且持 续时间为55分钟。对于msms分析，所有的源参数如上述相同，具有-35v的碰撞能(ce)和 5psi的碰撞气体(cad，氮气)。棚列5 :关〒戸斤__罾椒__战-_雕法下述实施例描述关于卵巢癌标记的子集基于三联-四极质谱法的高通量筛查 (hts)测定法的开发。最初建立初步方法来确定6种包含28-碳的卵巢癌代谢物与在提 取方法过程中加入的内部标准分子的比例。这与申请人同时待审的于2007年3月22日 公开的crc/卵巢癌pct申请(w02007/030928)所报道的hts方法相似。该方法区分卵 巢癌患者和不患有卵巢癌的受试者的能力显示在图8中，其中将用来做出初始发现的20 名卵巢癌受试者与289名无病受试者进行比较。验证相对于对照6种c28碳分子(中性 质量 450(c28h5004)，446(c28h4604)，468(c28h5205)，448(c28h4804)，464(c28h4805)和 466(c28h5005))在卵巢癌患者的血清中显著更低。关于每种分子的p_值显示在表66中。基于对剩余分子的msms分析的完成，开发了一种新hts三联-四极方法，以分析 更大的卵巢癌标记子集。这种扩大的三联-四极方法测量一组全面的ytocoenoic acids, 并且包括表67列出的代谢物。该方法测量每种母体的子代碎片离子，以及内部标准分子 (见下述方法)。然后，通过除以内部标准峰面积而标准化生物标记峰面积。然后使用本方法来验证y tocoenoic acids在随后独立的对照和卵巢癌阳性受 试者群体中的减少。图9的图显示关于每种y tocoenoic acids在卵巢癌患者相对于对 照中信号强度的平均差别。该团体包括250名对照(即，在取样时没有诊断患有卵巢癌， 灰色柱)，和241名卵巢癌受试者(黑色柱)。关于该方法也显示最初20份卵巢癌发现样 品的平均值(白色柱)。结果证实相对于无病对照，来自卵巢癌患者的血清具有低水平的 y-tocoenoic acids。关于每种标记的关于每种代谢物的p_值(250个对照相对于241个 卵巢癌)显示在表67中和图9中。如关于非靶向ftms分析所述提取血清样品。乙酸乙酯有机级分用于分析每种 样品。向120ul乙酸乙酯级分的每份样品等分试样中加入15ul内部标记物(ing/ml的 (24-13c)_胆酸，在甲醇中)，总体积为135ul。自动取样器通过流动注射分析向4000qtrap 中注射100ul样品。载体溶剂是90%甲醇10%乙酸乙酯，以360ul/分钟的流速进入apci源。
ms/ms hts方法在配有具有apci探针的turbov 源的四极线性离子阱abi 4000qtrap 质谱仪上进行。源气体参数如下:cur :10· 0，cad :6，nc -3. 0，tem :400，gsl 15，界面加热器打开。“化合物”设置如下进入电势(ep) :_10，和碰撞单元离开电势 (cxp) :_20.0。该方法基于关于每种代谢物的一个母体离子跃迁的和关于内部标记物的单 次跃迁的多反应监测(mrm)。每次跃迁监测250ms，总循环时间为2. 3秒。每份样品总获得 时间约为1分钟。该方法与上述pct案例(w0 2007/030928)中所述的方法相似，但是扩大 包括更大的分子子集，如表67所示。所有的引用通过参考结合于此。已经关于一个或多个实施方案描述了本发明。然而，本领域技术人员应该清楚，在 不背离如权利要求所限定的本发明的范围的条件下，可以进行许多变化和改进。参考文献 1. 蹄查卵 巢癌 推荐的 声明 (screening for ovarian cancer recommendationstatement).家族医学年干ij (ann fam med) 2004 ；2 260-2. 2. chu cs, rubin sc.在——般群体中蹄查卵巢癌(screening for ovariancancer in the general populaion).临床产科和妇科最佳实践研究(bestpract res clin obstet gynaecol) 2005. 3. hanna l, adams μ.预防卵巢癌(prevention ofovarian cancer).临床 产科和妇科最佳实践研究(best pract res clin obstet gynaecol) 2005. 4. rosenthal a, jacobs i.家族卵巢癌筛查(familial ovarian cancerscreening).临床产科和妇科最 佳实践研究(best pract res clin obstetgynaecol) 2005. 5. theriaulta, chao jt, wang q，gapora，adeii k.生育三烯甘油酯其治疗潜力的综述(tocotrienol :a review of its therapeutic potential).临床生物化学(clin biochem) 1999 ；32 309-19. 6. serbinova ε, kagan v，han d，packer l. α -生育酚和α -生育三烯甘油酯抗氧化特性中的自由基循 环禾口 膜内运动(free radical recycling andintramembrane mobility in the antioxidant properties of alpha-tocopherol andalpha-tocotrienol).自由—lis 学(free radic biol med) 1991 ；10 :263_75· 7. lee bl, new al, ong cn.同时确定人血菜 中的生育三烯甘油酯、生育酚、视黄醇、和主要的类胡萝卜素(simultaneous determination oftocotrienols, tocopherols, retinol, and major carotenoids in human plasma).临床化学(clin chem) 2003 ；49 2056-66. 8. birringer μ, pfluger p, kluth d, landes n,brigelius-flohe r.在h印g2细胞中生育三烯甘油酯和生育酚代谢机 制的性质禾口差异(identities anddifferences in the metabolism of tocotrienols and tocopherols in hepg2 cells).营养学杂志(j nutr) 2002 ；132 3113-8. 9. bieri jg, evarts rp. y生育酚人维生素e营养的代谢机制、生物学活性和显著性(gamma tocopherol :metabolism, biological activity andsignificance in human vitamin e nutrition).美国临床营养学杂志(am jclin nutr) 1974 ；27 :980_6. 10. traber mg.确定 h会 ε&^ (determinants of plasma vitamin econcentrations).自
ψ (free radic biol med) 1994 ；16 229-39.11.princen hm, van duyvenvoorde w, buytenhek r，等.在男性和女性中补充低剂量维生素e保护ldl免受脂质过氧化 (supplementation with lowdoses of vitamin e protects ldl from lipid peroxidation in men and women). ^ibt^wmitik^tiiil^^^ (arterioscler thromb vasc biol) 1995 ；15 :325_33· 12. schaffer s, muller we, eckert gp.生育三烯甘油酯在衰老禾口疾病中的组成性作用(tocotrienols constitutional effects in aging and disease).营养学杂志(j nutr) 2005 ； 135 151-4. 13. winklhofer-roob bm，van' t hof ma, shmerling dh.在幼儿到成年人瑞士人群中关于血浆维生素e和a和类胡萝卜素浓度 的参考值，关于季节影响调整过(reference values for plasma concentrations of vitamin e anda and carotenoids in a swiss populaion from infancy to adulthood, adjustedfor seasonal influences).丨临床化学(clin chem) 1997 ；43 146-53. 14. qureshi aa, qureshi n, wright jj，等.在高胆固醇人中通过生育三烯甘油酯 (palmvitee)降 低 血清胆 固 酉享(lowering of serum cholesterol inhypercholesteroiemic humans by tocotrienols (palmvitee)).美国临床营养学杂志 (am j clin nutr)1991 ；53 :1021s_6s. 15. qureshi aa, peterson dm, hasler-rapacz jo, rapacz j.在遗传性高胆固醇猪中，米麸的新生育三烯甘油酯抑制胆固醇生成(novel tocotrienols ofr i ce bran suppress cholesterogenesis in hereditary hypercholesterolemicswine).营养学杂志(j nutr)2001 ；131 223-30. 16. sen ck, khanna s，roy s.生育三烯甘油酯生育酚之外的维生素e (tocotrienols :vitamin e beyond tocopherols).生命科学(life sci)2006 ；78 :2088_98· 17. khanna s, roy s, ryu h，等.维生素e作用的分子基础生育三烯甘油酯调节12-脂加氧酶，谷氨酸-诱导的神经 变性的主要调节齐ll (molecularbasis of vitamin e action :tocotrienol modulates 12-lipoxygenase, a keymediator of glutamate-induced neurodegeneration).生物化 学杂志(j biol chem) 2003 ；278 43508-15. 18. qureshi aa，sami sa，salser wa，khan fa.米麸富含生育三烯甘油酯的级分(trf(25))和抑甲羟酶素对高胆固醇人中脂质参数的 协同作用(synergistic effect of tocotrienol-rich fraction(trf(25))of rice bran andlovastatin on lipid parameters in hypercholesterolemic humans).营胃学生物 化学杂志(j nutr biochem) 2001 ； 12 :318-29. 19. adachi h, ishii n.生育三烯甘油酯对 秀丽隐杆线虫的寿命和蛋白羰基化的影响(effects of tocotrienols on life span and protein carbonylation incaenorhabditis elegans).
(j gerontol abiol sci med sci)2000 ；55 :b280-5. 20. nesaretnam k, guthrie n, chambers af, carroll kk.生育三烯甘油酯对培养的人乳腺癌细胞系生长的影响(effect of tocotrienols on the growthof a human breast cancer cell line in culture). 脂质(lipids) 1995 ；30 1139-43. 21. mcintyre bs, briski kp, tirmenstein ma, fariss mw, gapor a, sylvesterpff.生育酚和生育三烯甘油酯对正常小鼠乳腺上皮细胞的抗增殖和 细胞禾呈序性死亡作用(antiproliferative and apoptotic effects of tocopherols andtocotrienols on normal mouse mammary epithelial cells).月旨质(lipids)2000 ; 35 171-80. 22. jiang q, ames bn. 生育酚，而不是α -生育酚，在大鼠中减少促炎性类 花生酸禾口炎症损害(gamma-tocopherol, but not alpha-tocopherol, decreases proinflammatory eicosanoids and inflammation damage in rats) · faseb 杂志(faseb j) 2003 ； 17 :816-22. 23. jiang q, elson-schwab i，courtemanche c, ames bn.与 α -生育 酚相反，y-生育酚及其主要代谢物抑制巨噬细胞和上皮细胞中的环加氧酶活性 (gamma-tocopherol and its major metabolite， in contrast to alpha-tocopherol, inhibit cyclooxygenase activity in macrophages and epithelial cells).美国国家科学院学报(proc natl acad sci u s a) 2000 ；97 11494-9. 24. helzlsouer kj, alberg aj, norkus ep, morris js, hoffman sc, comstockgff.血清微营养素和卵巢癌的预期研究 (prospective study of serum micronutrients and ovarian cancer). 15家癌症石if究所 杂志(journal of thenational cancer institute) 1996；88 :32_7· 25. pan sy, ugnat am, mao y, wen sff, johnson kc.饮食和卵巢癌危险的病例-对照研究(a case-control study of diet and the risk of ovarian cancer).癌症、流 亍病学生物标记禾口预防 (cancer epidemiol biomarkers prev) 2004 ； 13 1521-7. 26. babbs cf.自由基和结肠癌 病因(free radicals and the etiology of coloncancer).自由基生物医学(free radic biol med) 1990 ;8 :191-200. 27. reboul e, klein a, bietrix f，等·清道夫受体种类 b i 型(sr-bi)参与维生素e穿过肠细胞的转运(scavenger receptor class b type i (sr-bi) isinvolved in vitamin e transport across the enterocyte).生物化学杂志 (j biolchem)2006 ；281 :4739_45· 28. reo nv.基于 nmr 的代谢物组学(nmr-based metabolomics).药物化学毒性学(drug chem toxicol) 2002 ；25 375-82. 29. fiehn 0， kopka j, dormann p, altmann t, trethewey rn, willmitzer l.植物功能基因组的代谢物 t莫式(metabolite profiling for plant functionalgenomics).自然生物技术(nat biotechnol) 2000 ;18 :1157-61· 30. hirai my, yano μ, goodenowe db，等.综合转录物组学 和代谢物组学理解拟南芥中对营养胁迫的综合反应(integration of transcriptomics andmetabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses inarabidopsis thaliana).美国国家科学院学报(proc natl acad sci u s a) 2004 ； 101 10205-10. 31. roessner u, luedemann a, brust d，等.代谢物模式允许对遗传或环境改良 的植物系统进行综合分型(metabolic profiling allows comprehensivephenotyping of genetically or environmentaliy modified plant systems).植物 细胞(plant cell) 2001 ；13 -.11-29. 32. castrillo ji,hayes a,mohammed s,gaskell sj, oliver sg.在 酵母中使用直接融合电喷雾质谱法进行代谢物组分析的最优化流程(an optimizedprotocol for metabolome analysis in yeast using direct infusion electrospraymass spectrometry).植物 化学(phytochemistry) 2003 ；62 929-37. 33. fiehn 0.代谢物组学一基因型和表型之间的联系(metabolomics—thelink between genotypes and phenotypes).植物分子生物学(plant mol biol) 2002 ；48 155-71. 34. aharoni a, ric de vos ch, verhoeven ha，等.利用傅里叶变换离子回旋加速质谱仪进行 非革巴向代谢物组分析(nontargeted metabolome analysisby use of fourier transform ion cyclotron mass spectrometry). 0mics2002 ；6 217-34.35.hirai my, klein m, fuiikawa y，等.通过综合代谢物组学和转录物组学解释拟南芥中基因-对-基因和代谢 物-对-基因网络(elucidation ofgene-to-gene and metabolite-to-gene networks in arabidopsis by integration ofmetabolomics and transcriptomics).生物化学杂志(j biol chem) 2005 ；280 25590-5.36. murch sjirupasinghe hpigoodenowe disaxena pk.胃 芩基因型中药学多样性的代谢物组学分析发现新化合物(a metabolomic malysis ofmedicinal diversity in huang-qin(scutellaria baicalensis georgi)genotypes discovery ofnovel compounds).植物细胞 艮告(plant cell rep) 2004 ；23 419-25. 37. tohge τ, nishiyama y，hirai μυ，等.通过综合分析过表达myb转录因子的拟南芥植物的代谢物组和转录物组的功能性基因组学(functionalgenomics by integrated analysis of metabolome and transcriptome ofarabidopsis plants over-expressing an myb transcription factor).才直 ^ 杂 ^ (plant j) 2005 ；42 218-35. 38. wu b, abbott τ, fishman d，等.使用质谱数据分类卵巢癌的统计学方法的比较(comparison of statistical methods for classification of ovariancancer using mass spectrometry data).生物信息学(bioinformatics) 2003 ; 19 :1636-43. 39. sontag tj, parker rs.生育酚异化作用的细胞色素p450 ω -羟化酶途径(cytochrome p450omega-hydroxylase pathway of tocopherol catabolism). ijh^h· e 的 机制(novel mechanism of regulation of vitamin estatus).生物化学杂志(j biol chem)2002 ;277 :25290-6. 40. blakeborough mh, owen rff, bilton rf.结肠中的自由基产 生机制它们在诱导和促进结肠直肠癌中的作用？(free radical generatingmechanisms in the colon :their role in the induction and promotion ofcolorectal cancer ？) 自由基研究通讯(free radic res commun) 1989 ；6 359-67. 41. graf ε,eaton jff.结肠癌 白勺月il酉享α ι (dietarysuppression of colonic cancer. fiber or phytate ？)癌症(cancer) 1985 ；56 717-8. 42. campbell s, stone w, whaley s, krishnan k.开发y-生育酚作为结肠直肠癌的化疗剂(development of gamma (gamma) -tocopherol as a colorectalcancer chemopreventive agent).月中瘤学禾口血液学的重要综述(crit revoncol hematol) 2003 ;47 :249_59. 43. rubbo h, radi r, trujillo m，等.过氧化物和过 氧亚硝酸盐-依赖性脂质过氧化的氧化氮调节。形成新的含氮氧化脂质衍生物(mtric oxideregulation of superoxide and peroxynitrite-dependent lipid peroxidation. formation of novel nitrogen-containing oxidized lipid derivatives).生物化学杂 志(j biol chem) 1994 ；269 26066-75. 44. radi r，beckman js, bush km, freeman ba. 氧亚硝酸盐-诱导的膜脂质过氧化过氧化物和氧化氮的细胞毒性潜力 (peroxynitrite-inducedmembrane lipid peroxidation :the cytotoxic potential of superoxide and nitricoxide).生物化学和生物物理学学报(arch biochem biophys)1991 ；288 481-7. 45. cooney rv，franke aa, harwood pj, hatch-pigott v, custer lj, mordanlj. 二氧化氮的y -生育酚去氧化优于α -生育酚 (gamma-tocophero1 detoxification of nitrogen dioxide : superiority to alpha-tocopherol).美国国家科学院学报(proc natl acad sci u s a) 1993 ；90 1771-5. 46. stone wl, papas am, leclair 10，qui m, ponder t.饮食铁和生育酚对结肠中 氧化月办迫禾口 ras_p21 水平白勺影口向(the influence of dietary iron andtocopherols on oxidative stress and ras-p21 levels in the colon).癌症检 贝ij 禾口预防(cancer detect prev)2002；26 :78_84· 表1 从对来自卵巢癌患者和对照的 清的ftms分析产生的424 种质量的列表(p < 0. 05，在卵巢癌阳性和对照群体之间斯氏t检验)。
表3 基于先前的37种代谢物子集通过tof ms检测的29种代谢物子集的列表。
选择的卵巢癌诊断质量的msms碎片每个表格显示以伏特为单位的碰撞能，以分钟为单位 的hplc停留时间和碎片离子的强度百分数。表格题目中的质量为中性，而在m/z(amu)下 列出的质量为[m-h]。表4
表35 关于在人血清有机提取物中检测到的30种卵巢癌生物标记的精确质量、推定的
关于卵巢癌生物标记的ms/ms片段的分配表36 卵巢癌生物标记446. 3544的ms/ms碎
裂
表41:卵巢癌生物标记478. 405的ms/ms碎裂
表42:卵巢癌生物标记484. 3739的ms/ms碎裂
表44:卵巢癌生物标记492. 3841的ms/ms碎裂
表46:卵巢癌生物标记496. 4165的ms/ms碎裂
表47:卵巢癌生物标记502. 4055的ms/ms碎裂
表49:卵巢癌生物标记512. 4083的ms/ms碎裂
表50:卵巢癌生物标记518. 3974的ms/ms碎裂
表57 卵巢癌生物标记550. 4609的ms/ms碎裂
表58 卵巢癌生物标记558. 4653的ms/ms碎裂
表59 卵巢癌生物标记574. 4638的ms/ms碎裂
表61 卵巢癌生物标记578. 493的ms/ms碎裂
表64 卵巢癌生物标记596. 5015的ms/ms碎裂
表65 卵巢癌生物标记598. 5121的ms/ms碎裂
权利要求
用于诊断未知卵巢癌状况的测试受试者中存在或不存在卵巢癌的方法，所述方法包括下述步骤分析来自测试受试者的血液样品，以获得关于选自表1所列的424种代谢物的组的分子、或具有基本上等于这些分子的质量的分子或它们的衍生物的片段的定量数据；比较在所述测试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与从多个卵巢癌 阳性人获得的关于所述分子的定量数据或从多个卵巢癌 阴性人获得的定量数据；其中所述比较可以用来确定所述测试受试者是卵巢癌 阳性还是 阴性的可能性。
2.按照权利要求1的方法，其中所述方法是基于ftms的方法。
3.按照权利要求2的方法，其中所述分子选自鉴定为下述中性精确质量的代谢物 440. 3532,446. 3413,448. 3565,450. 3735,464. 3531,466. 3659,468.3848,474.3736， 478.405,484.3793,490.3678,492.3841,494.3973,502. 4055,504. 4195,510. 3943， 512. 4083,518. 3974, 520. 4131,522. 4323,530. 437,532.4507,534.3913,538.427, 540.4393,548.4442,550.4609,558.4653,566. 4554,574. 4597,576. 4762,578. 493, 590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. 5015,598. 5121，其中 /_5ppm 的差异将表示同一种代 谢物。
4.权利要求1的方法，其中所述分子通过液相色谱-质谱(lc-ms)法或直接注射三 联_四极质谱法进行分析。
5.权利要求4的方法，其中测量每种所述分子的强度转变和内部标记物的强度转变。
6.权利要求5的方法，其中通过对所述患者确定所述分子间的最低均值-标准化的 log(2)转化比例而生成患者得分。
7.按照权利要求4的方法，其中所述分子选自鉴定为下述中性精确质量的代谢物 446. 3396,448. 3553,450. 3709,468. 3814,474.3736,478.4022,484.3764,490.3658， 492. 3815,494. 3971,496. 4128,502. 4022,504. 4179,512. 4077,518.3971,520.4128， 522.8284，530.43351，532.44916，538. 4233，540. 4389，550. 4597，558. 4648，574. 4597， 576. 4754，578. 4910，592. 47029，594. 4859，596. 5016，和 598. 5172，其中 /_5ppm 的差异将 表示同一种代谢物。
8.按照权利要求7的方法，其中具有这些质量的所述代谢物的分子式分别为 c28h4604, c28h4804, c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605, c32h5404, c32h5604, c30h5606, c32h5405, c32h5605, c32h6005, c34h5804, c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205, c36h6405, c36h6605, c36h6406, c36h6606, c36h6806，和 c36h7006。
9.按照权利要求8的方法，其中这些代谢物的结构分别为
10.权利要求9的方法，其中所述代谢物分别具有如表36-65所示的lc-ms/ms碎裂方式。
11.权利要求4的方法，其中所述代谢物是γ生育酚，γ生育三烯甘油酯，ω-羧酸化 的y生育酚和y生育三烯甘油酯，维生素e-相关的代谢物或所述代谢物的代谢衍生物。
12.用于诊断未知卵巢癌状况的测试受试者中的卵巢癌或发展卵巢癌的危险的方法， 所述方法包括下述步骤分析来自测试受试者的血液样品，以获得关于选自表1所列的424种代谢物的组的分 子的定量数据；比较在所述测试受试者中获得的关于所述分子的定量数据与从多个卵巢癌阴性人获 得的关于所述分子的定量数据；其中一种或多于一种所述代谢物的不存在或显著减少表示 卵巢癌的存在或发展卵巢癌的危险。
13.按照权利要求12的方法，其中所述方法是基于ftms的方法。
14.按照权利要求13的方法，其中所述分子选自鉴定为下述中性精确质量的代谢 物440.3532,446.3413,448.3565,450.3735,464. 3531,466. 3659,468. 3848,474. 3736， 478.405,484.3793,490.3678,492.3841,494.3973,502.4055,504.4195,510.3943, 512. 4083,518. 3974,520. 4131,522. 4323,530.437,532.4507,534.3913,538.427,`540.4393,548.4442,550.4609,558.4653,566. 4554,574. 4597,576. 4762,578. 493, 590. 4597,592. 4728,594. 4857,596. `5015,598. 5121，其中 /_5ppm 的差异将表示同一种代 谢物。
15.权利要求12的方法，其中所述分子通过液相色谱-质谱(lc-ms)法或直接注射三 联-四极质谱法进行分析。
16.权利要求15的方法，其中测量每种所述分子的强度转变和内部标准物的强度转变。
17.权利要求16的方法，其中通过对所述患者确定所述分子间的最低均值-标准化的 log(2)转化比例而生成患者得分。
18.按照权利要求15的方法，其中所述分子选自鉴定为下述中性精确质量的代谢 物446.3396,448.3553,450. 3709,468. 3814,474. 3736,478. 4022,484. 3764,490. 3658， 492. 3815,494. 3971,496. 4128,502. 4022,504. 4179,512. 4077,518.3971,520.4128， 522.8284,530.43351,532.44916,538.4233,540. 4389,550. 4597,558. 4648,574. 4597， 576. 4754，578. 4910，592. 47029，594. 4859，596. 5016，和 598. 5172，其中 /_5ppm 的差异将 表示同一种代谢物。
19.按照权利要求18的方法，其中具有这些质量的所述代谢物的分子式分别为 c28h4604, c28h4804, c28h5004, c28h5205, c30h5004, c30h5404, c28h5206, c30h5005, c30h5205, c30h5405, c30h5605, c32h5404, c32h5604, c30h5606, c32h5405, c32h5605, c32h6005, c34h5804, c34h6004, c32h5806, c32h6006, c34h6205, c36h6204, c36h6205, c36h6405, c36h6605, c36h6406, c36h6606, c36h6806，和 c36h7006。
20.按照权利要求19的方法，其中这些代谢物的结构分别为
21.权利要求19的方法，其中所述代谢物分别具有如表36-65所示的lc-ms/ms碎裂方式。
22.权利要求15的方法，其中所述代谢物是υ生育酚，y生育三烯甘油酯，ω-羧酸化 的y生育酚和y生育三烯甘油酯，维生素ε-相关的代谢物或所述代谢物的代谢衍生物。
23.用于鉴定和诊断将受益于抗氧化治疗的个体的方法，所述方法包括下述步骤分析来自个体的血液样品以获得关于所有的y生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸 化的y生育酚和y生育三烯甘油酯、维生素e-相关的代谢物或所述代谢物种类的代谢衍 生物或它们的子集的定量数据；比较在所述个体中获得的关于所述分子的定量数据与从多个oc-阴性人的分析获得 的参照数据；其中所述比较可以用来确定所述个体将受益于所述治疗的可能性。
24.权利要求23的方法，其中所述γ生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸化的υ生 育酚和y生育三烯甘油酯、维生素e-相关的代谢物或所述代谢物种类的代谢衍生物选自 由表1列出的代谢物、或它们的片段或衍生物组成的组。
25.权利要求24的方法，其中所述γ生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸化的υ生 育酚和y生育三烯甘油酯、维生素e-相关的代谢物或所述代谢物种类的代谢衍生物选自 由具有或基本上等价于下述精确中性质量(m-h质量母体和子离子质量)(以道尔顿测量)的代谢物、或它们的片段或衍生物组成的组446. 3396 (c28h4604)，448. 3553 (c28h4804)， 450. 3709(c28h5004)，468. 3814(c28h5205)，474. 3736(c30h5004)，478. 4022(c30h5404)， 484.3764 (c28h5206)，490. 3658(c30h5005)，492. 3815，(c30h5205)，494. 3971(c30h5405)， 496. 4128(c30h5605)，502. 4022(c32h5404)，504. 4179(c32h5604)，512. 4077(c30h5606)， 518. 3971 (c32h5405)，520. 4128(c32h5605)，522. 8284(c32h6005)，530. 43351 (c34h5804)， 532. 44916(c34h6004)，538. 4233(c32h5806)，540. 4389(c32h6006)，550. 4597(c34h6205)， 558. 4648(c36h6204)，574. 4597(c36h6205)，576. 4754(c36h6405)，578.4910 (c36h6605)， 592. 47029 (c36h6406)，594. 4859(c36h6606) ,596.5016 (c36h6806)，禾口 598. 5172(c36h7006)，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物。
26.权利要求25的方法，其中所述代谢物分别具有如表36-65所示的lc-ms/ms碎裂方式。
27.用于诊断响应设计来预防、治愈、或稳定oc或改善与oc相关的症状的饮食、化学、 或生物学治疗策略的个体的方法，所述方法包括下列步骤分析来自所述个体的单次收集或随时间的多次收集的一份或多份血液样品，以获得关 于所有的y生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸化的υ生育酚和γ生育三烯甘油酯、维 生素e-样分子或所述代谢物种类的代谢衍生物或它们的子集的定量数据；比较在所述样品中获得的关于所述分子的定量数据与从多个oc-阴性人获得的关于 所述分子的参照数据；其中所述比较可以用来确定所述个体的代谢状态是否在所述治疗策 略过程中得以改善。
28.权利要求27的方法，其中所述γ生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸化的υ生 育酚和y生育三烯甘油酯、维生素e-相关的代谢物或所述代谢物种类的代谢衍生物选自 由表1列出的代谢物、或它们的片段或衍生物组成的组。
29.权利要求28的方法，其中所述y生育酚、y生育三烯甘油酯、ω-羧酸化 的y生育酚和y生育三烯甘油酯、维生素e-相关的代谢物或所述代谢物种类的代 谢衍生物选自由具有或基本上等价于下述精确中性质量(以道尔顿测量)的代谢 物、或它们的片段或衍生物组成的组446. 3396 (c28h4604)，448. 3553 (c28h4804)， 450. 3709(c28h5004)，468. 3814(c28h5205)，474. 3736(c30h5004)，478. 4022(c30h5404)， 484.3764 (c28h5206)，490. 3658(c30h5005)，492. 3815，(c30h5205)，494. 3971(c30h5405)， 496. 4128(c30h5605)，502. 4022(c32h5404)，504. 4179(c32h5604)，512. 4077(c30h5606)， 518. 3971 (c32h5405)，520. 4128(c32h5605)，522. 8284(c32h6005)，530. 43351 (c34h5804)， 532. 44916 (c34h6004)，538. 4233(c32h5806)，540. 4389(c32h6006)，550. 4597(c34h6205)， 558. 4648(c36h6204)，574. 4597(c36h6205)，576. 4754(c36h6405)，578. 4910(c36h6605)， 592. 47029 (c3 6h6406),594. 4859 (c36h6606),596. 5016 (c36h6806),禾口 598. 5172(c36h7006)，其中 /_5ppm的差异将表示同一种代谢物。
30.权利要求29的方法，其中所述代谢物分别具有如表36-65所示的lc-ms/ms碎裂方式。
全文摘要
本发明描述用于预测存在卵巢癌(oc)的健康状况指征的方法。所述方法测量叫作代谢物的特异性小的有机分子在来自具有未确定的健康状况的患者的血液样品中的强度，并且将这些强度与在健康个体群体中观察到的强度和/或与先前在证实为卵巢癌-阳性个体群体中观察到的强度进行比较。具体地，本发明涉及通过测量维生素e同种型及相关的代谢物而诊断oc。所述方法使得执业者能够确定筛查的患者对于卵巢癌是阳性的或处于患卵巢癌的危险中的可能性。
文档编号g01n33/49gk101932934sq200880009982
公开日2010年12月29日 申请日期2008年2月1日 优先权日2007年2月1日
发明者埃林·宾厄姆, 肖恩·里奇 申请人:菲诺梅诺米发现公司