技术特征：
1.一种设计用于患有卵巢癌的人类患者的治疗方案的方法，所述方法包括：a.确定来自所述患者的肿瘤样品中gzmk、trem1和trem2中的至少一种的表达水平；以及b.将所述表达水平与参考样品中的表达水平进行比较，其中与所述参考样品相比增加的gzmk表达的水平与减少的存活相关联，与所述参考样品相比增加的trem1的水平与mdsc样骨髓细胞的存在相关联，并且与所述参考样品相比增加的trem2的水平与tam样巨噬细胞的存在相关联。2.一种治疗人类患者的卵巢癌的方法，所述方法包括：a.确定来自所述患者的肿瘤样品中gzmk、trem1和trem2中的至少一种的表达水平，b.将所述表达水平与参考样品中的表达水平进行比较，其中增加的gzmk表达的水平与减少的存活相关联，增加的trem1的水平与mdsc样骨髓细胞的存在相关联，并且增加的trem2的水平与tam样巨噬细胞的存在相关联；并且c.如果所述患者具有i.与所述参考样品相比增加的trem1表达，则向所述患者施用靶向mdsc样骨髓细胞的疗法；ii.与所述参考样品相比增加的trem2表达，则向所述患者施用靶向tam样巨噬细胞的疗法；和/或iii.与所述参考样品相比降低的gzmk表达，则向所述患者施用化学疗法。3.根据权利要求1或2所述的治疗的方法，其中在所述肿瘤中已显示增加的gzmk表达后，停止化学疗法。4.根据权利要求1至3中任一项所述的治疗的方法，其中在所述肿瘤中已显示增加的gzmk表达后，向所述患者给予姑息治疗。5.一种将人类患者的卵巢癌表征为沙漠型、排斥型或浸润型肿瘤的方法，所述方法包括：a.确定来自所述患者的肿瘤样品中gzmb、gzmk、cd8a、trem1和trem2中的至少一种的表达水平，b.将所述表达水平与参考样品中的表达水平进行比较，其中与所述参考样品相比更高的gzmb表达与浸润型肿瘤相关联，与所述参考样品相比更高的gzmk表达与排斥型肿瘤相关联，与所述参考样品相比更高的cd8a/gzmk双阳性细胞表达与排斥型肿瘤相关联，与所述参考样品相比更高的trem1表达与沙漠型肿瘤相关联，并且与所述参考样品相比更高的trem2表达与排斥型和浸润型肿瘤相关联。6.一种治疗患有卵巢癌的人类患者的方法，所述方法包括：a.通过确定来自所述患者的肿瘤样品中gzmb、gzmk、cd8a、trem1和trem2中的至少一种的表达水平而将卵巢癌表征为沙漠型、排斥型或浸润型，b.将所述表达水平与参考样品中的表达水平进行比较，其中与所述参考样品相比更高的gzmb表达与浸润型肿瘤相关联，与所述参考样品相比更高的gzmk表达与排斥型肿瘤相关联，与所述参考样品相比更高的cd8a/gzmk双阳性细胞表达与排斥型肿瘤相关联，与所述参考样品相比更高的trem1表达与沙漠型肿瘤相关联，并且与所述参考样品相比更高的trem2表达与排斥型和浸润型肿瘤相关联，并且
c.利用以下来治疗患者：i.化学疗法或自体/同种异体效应细胞，如果更高的trem1表达表明沙漠型肿瘤的话；ii.免疫疗法(包括检查点疗法)，如果更高的gzmb和/或trem2表达表明浸润型肿瘤的话；iii.姑息治疗，如果更高的gzmk表达表明排斥型肿瘤的话；iv.姑息治疗，如果更高的cd8a/gzmk双阳性细胞表达表明排斥型肿瘤的话；和/或v.免疫效应细胞，诸如t细胞运输调节剂、表观遗传调节剂、肿瘤微环境(tme)重塑分子和/或放射疗法。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述参考样品为跨多个患者和/或受试者编译的数据。8.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述参考样品为健康受试者。9.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述参考样品为对疗法有应答的患者。10.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述参考样品为具有已知沙漠型肿瘤的患者。11.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述参考样品为具有已知排斥型肿瘤的患者。12.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述参考样品为具有已知浸润型肿瘤的患者。13.根据权利要求5至12中任一项所述的方法，其中所述方法包括评估来自所述患者的肿瘤细胞中的gmzb、trem1和trem2中的全部。14.根据权利要求1至4或7至13中任一项所述的方法，其中所述方法包括评估来自所述患者的肿瘤细胞中的gmzk、trem1和trem2中的全部。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在确定gzmb、gzmk、trem1和trem2中的至少一种的表达水平之前从所述患者获得肿瘤样品。16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中使用免疫组织化学来确定gzmb、gzmk、trem1和/或trem2的表达水平。17.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中通过测量mrna转录物水平来确定gzmb、gzmk、trem1和/或trem2的表达水平。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述肿瘤样品中至少一种参考基因的表达水平。19.根据权利要求17或18所述的方法，其中所述方法进一步包括针对所述肿瘤样品中至少一种参考基因的mrna转录物的水平来归一化所述mrna转录物的所述水平以提供gzmb、gzmk、trem1和/或trem2的mrna转录物的归一化水平。20.根据权利要求17至19中任一项所述的方法，其中通过scrnaseq来确定所述mrna转录物的所述水平。21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中在评估gzmb、gzmk、trem1和/或trem2中的至少一种的表达水平之前将所述肿瘤样品分成肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞。22.根据权利要求21所述的方法，其中细胞分离通过facs进行。
23.根据权利要求19至22中任一项所述的方法，其中在cd8 t细胞中gzmk的mrna转录物的归一化水平增加。24.根据权利要求23所述的方法，其中gzmk阳性的cd8 t细胞的数量大于gzmk阴性的cd8 t细胞的数量。25.根据权利要求19至24中任一项所述的方法，其中在巨噬细胞中trem2的mrna转录物的归一化水平增加。26.根据权利要求2至4或6至25中任一项所述的方法，其中所述化学疗法包括白蛋白结合的紫杉醇(白蛋白结合型紫杉醇六甲蜜胺卡培他滨卡铂、顺铂、环磷酰胺多西他赛依托泊苷(vp-16)、吉西他滨异环磷酰胺伊立替康(cpt-11多柔比星(诸如脂质体多柔比星美法仑、紫杉醇培美曲塞拓扑替康、长春瑞滨氯硝柳胺、二甲双胍、bay 87-2243、地西他滨、瓜德希他滨、氮杂胞苷、阿巴伏单抗、奥戈伏单抗、neovax与纳武单抗、安罗替尼、依诺肝素与瑞舒伐他汀、尼拉帕尼、西奥罗尼、曲贝替定与聚乙二醇化脂质体多柔比星、acb-s6-500、sgi-110、来曲唑、帕唑帕尼、帕博西尼、阿帕替尼、马赛替尼、卡巴他赛、imab027、氟达拉滨、abt-888、福他替尼、奥拉帕尼、替莫唑胺、他拉唑帕尼、p53-slp、omp-54f28、肼屈嗪和丙戊酸镁、氟达拉滨、拉帕替尼、盐酸苯达莫司汀、索拉非尼、卡瑞利珠单抗、曲美木单抗、生育三烯酚和/或依西美坦。27.根据权利要求2至4、7至12或14至25中任一项所述的方法，其中靶向mdsc骨髓细胞的疗法包括：a.顺铂、5-氟尿嘧啶、吉西他滨和/或紫杉醇；b.肝脏x受体(lxr)β激动剂；c.检查点抑制剂，诸如i.抗pd-1疗法(诸如抗pd-1抗体，包括派姆单抗纳武单抗西米普利单抗特瑞普利单抗、ct-011、单克隆抗体hx0088和抗体ak105；ii.抗pd-l1疗法(诸如抗pd-l1抗体，包括阿特珠单抗阿维单抗德瓦鲁单抗(medi4736抗pd-l1；)、曲美木单抗、mabzkab001、曲美木单抗和雷莫芦单抗(cyramza)；和/或d.抗tgfβ疗法(诸如抗tgfβ抗体，包括派姆单抗和非苏木单抗)。28.根据权利要求6至13或15至26中任一项所述的方法，其中癌症免疫治疗剂包括德瓦鲁单抗(medi4736抗pd-l1；)、莫托莫德、溶瘤病毒、ny-eso-1癌症疫苗、抗xbp1疗法、抗血管生成素疗法、抗dll/notch疗法、抗her2疗法、抗间皮素疗法、抗rankl疗法、抗trop2疗法和/或vegf/vegf-r疗法。
技术总结
本申请公开了设计用于患有卵巢癌的人类患者的治疗方案的方法，以及治疗卵巢癌的方法。本申请还包括通过肿瘤类型来表征人类患者的卵巢癌的方法。的卵巢癌的方法。的卵巢癌的方法。
技术研发人员：m
受保护的技术使用者：基因泰克公司
技术研发日：2022.02.25
技术公布日：2023/10/15